บริษัท โฮปเวลล์โฮลดิงส์ จำกัด ได้ฟ้องร้องเรียกค่าเสียหายในการยกเลิกสัญญาจากกระทรวงคมนาคม และการรถไฟแห่งประเทศไทย เป็นค่าใช้จากการเข้ามาลงทุนเป็นเงิน 56,000 ล้านบาท ในขณะที่การรถไฟฯ ก็เรียกร้องค่าเสียโอกาสในการใช้ประโยชน์จากโครงการ เป็นเงินกว่า 200,000 ล้านบาท

คณะอนุญาโตตุลาการประกอบด้วย นายสมศักดิ์ บุญทอง รองอัยการสูงสุด ในฐานะตัวแทนจากการรถไฟแห่งประเทศไทย, รองศาสตราจารย์วีระพงษ์ บุญโญภาส อาจารย์คณะนิติศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นตัวแทนจากโฮปเวลล์ฯ และนายถวิล อินทรักษา อดีตผู้พิพากษา เป็นประธานคณะอนุญาโตตุลาการ [3] ได้วินิจฉัยชี้ขาดเมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2551 ให้กระทรวงคมนาคมและการรถไฟแห่งประเทศไทย คืนเงินชดเชยให้โฮปเวลล์โฮลดิงส์ เนื่องจากการบอกเลิกสัญญาไม่เป็นธรรม เป็นเงิน 11,888.75 ล้านบาท ประกอบด้วยเงินค่าก่อสร้าง 9,000 ล้านบาท เงินค่าตอบแทนจากการใช้ประโยชน์ที่ดินที่บริษัทชำระไปแล้ว 2,850 ล้านบาท และเงินค่าออกหนังสือค้ำประกัน 38,749,800 บาท พร้อมดอกเบี้ย 7.5% ต่อปี และคืนหนังสือค้ำประกันมูลค่า 500 ล้านบาท ให้กับบริษัท [4]

วันที่ 22 เมษายน พ.ศ. 2562 ที่ศาลปกครองกลาง ศาลปกครองสูงสุด กลับคำพิพากษาศาลปกครองกลางให้บังคับคดี ให้บริษัท โฮปเวลล์ (ประเทศไทย) จำกัด ชนะคดีตาม คำชี้ขาดของอนุญาโตตุลาการให้ภาครัฐจ่าย รวม 11,888 ล้านบาท พร้อมดอกเบี้ยร้อยละ 7.5 ต่อปี พร้อมคืนหนังสือค้ำประกันมูลค่า 500 ล้านบาท ที่ออกโดยธนาคารกรุงเทพ ซึ่งประกอบด้วยเงินที่บริษัทได้ชำระเป็นค่าตอบแทนจากการใช้ประโยชน์จากที่ดินของ รฟท. ถึงก่อนวันบอกเลิกสัญญาเป็นเงิน 2,850 ล้านบาท รวมถึงเงินค่าออกหนังสือค้ำประกัน 38 ล้านบาท และเงินค่าก่อสร้าง 9,000 ล้านบาท โดยดำเนินการให้แล้วเสร็จภายใน 180 วันนับคดีถึงที่สุด[5]