เมืองโฮโลตั้งอยู่ทางตะวันตกเฉียงเหนือของเกาะโฮโล ใกล้กับคาบสมุทรซัมบวงกาบนเกาะมินดาเนา ตัวเกาะโฮโลอยู่ระหว่างจังหวัดบาซีลันและตาวี-ตาวี ล้อมรอบด้วยทะเลซูลูและทะเลเซเลบีส

เกาะโฮโลเป็นเกาะภูเขาไฟ ตั้งอยู่กึ่งกลางของหมู่เกาะซูลูซึ่งมีพื้นที่ 890 ตารางกิโลเมตร (340 ตารางไมล์) โดยหมู่เกาะนี้ตั้งอยู่ระหว่างเกาะมินดาเนาและเกาะบอร์เนียว ประกอบไปด้วยเกาะภูเขาไฟ 900 เกาะ และมีแนวปะการังพื้นที่ 2,688 ตารางกิโลเมตร (1,038 ตารางไมล์)