ไกอากันดั้มเป็นโมบิลสูทที่ออกแบบมาเน้นการใช้งานบนโลก โดยสามารถแปลงร่างเป็นแบบคล้ายกับ TMF/A-802 บาคูวและ TMF/A-803 ลาโกวซึ่งเป็นโมบิลสูทแบบสัตว์สี่เท้าซึ่งซาฟท์ใช้ในสงครามครั้งแรกได้ ในร่างนี้ไกอาจะสามารถวิ่งไปกับพื้นด้วยความเร็วสูงและสามารถกระโดดได้ไกลกว่าโมบิลสูททั่วๆไป ปีกสองข้างบนหลังของไกอานั้นติดบีมเบลด "กริฟฟอน2อัน" ซึ่งไกอากันดั้มสามารถใช้โจมตีศัตรูขณะพุ่งใส่ด้วยความเร็วได้

ในภาคเสริมกันดั้มซี้ด เดสทินีแอสเทรย์นั้นระบุว่าเดิมทีนั้นมีแผนใช้โครงสร้างแบบคอร์สเปลนเดอร์ของอิมพัลส์กันดั้มกับไกอากันดั้มแต่ถูกยกเลิกไป ซึ่งระหว่างการทดสอบที่แพลนท์ อาเมอรีวัน นั้น ไกอากันดั้มมีรีกะ เชเดอร์เป็นนักบินทดสอบ ซึ่งต่อมาหน่วยแฟนธอมเพนของกลุ่มพันธมิตรโลกได้บุกเข้าไปขโมยโมบิลสูทรุ่นเซคันด์สเตจ โดยสเตลลา ลูเซียร์ได้เป็นผู้ขโมยและใช้งานไกอากันดั้มซึ่งกลุ่มพันธมิตรโลกได้ให้รหัสใหม่เป็น RGX-03 จนกระทั่งสเตลลาได้ใช้ไกอาในการต่อสู้กับอิมพัลส์กันดั้มและเซเวอร์กันดั้มเพียงคนเดียวที่สถานีวิจัยโลโดเนีย ซึ่งสเตลลาถูกจับและมิเนอร์วาสามารถเอาไกอากันดั้มคืนไปได้ แต่ในเวลาต่อมานั้น ไกอากันดั้มกลับไปอยู่ในการครอบครองของผู้สนับสนุนลักซ์ ไคลน์ โดยแอนดรูว์ วอลท์เฟลด์ได้ใช้ไกอากันดั้มในการป้องกันยานเอเทอนัลจากกองกำลังของซาฟท์ ซึ่งแอนดรูว์ได้ปรับให้เกราะ VPS เป็นโทนสีแดงแทนสีดำของแบบเดิม

ในดีไซน์ต้นฉบับ Gundam SEED DESTINY Mobile Suit Variations นั้นยังมี GAT-X399/Q ไวลด์แด็กเกอร์ ซึ่งเป็นแด็กเกอร์ซีรีส์ที่พัฒนามาจากไกอากันดั้ม