ต้นกำเนิดของไข่เยี่ยวม้ามีแนวโน้มว่าเป็นการถนอมอาหารของไข่ด้วยช่วงเวลาที่เหมาะสม โดยพอกด้วยดินด่างซึ่งคล้ายกับวิธีการถนอมอาหารของไข่ในวัฒนธรรมตะวันตก ดินที่พอกรอบไข่ทำให้เกิดการบ่มเป็นไข่เยี่ยวม้าแทนที่ไข่จะเสีย

เล่ากันว่าไข่เยี่ยวม้า กำเนิดมากว่าห้าศตวรรษแลัว ตามตำนานที่ไม่สามารถตรวจสอบได้ บอกว่าไข่เยี่ยวม้าค้นพบเมื่อประมาณ 600 ปีก่อนในมณฑลหูหนานในสมัย ราชวงศ์หมิง เมื่อเจ้าของบ้านพบไข่เป็ดในบ่อปูนขาวที่ใช้ในระหว่างการก่อสร้างบ้านของเขา เมื่อได้ลองชิมแล้วรู้สึกว่ามันมีกลิ่นรสเฉพาะตัวและสามารถนำมารับประทาน เขาจึงริเริ่มการผลิตเพื่อขาย โดยนำไข่ดิบมากลบอยู่ในบ่อปูนขาวประมาณ 2 เดือน และเติม เกลือลงไปเพื่อเพิ่มรสชาติ จึงพัฒนามาเป็นวิธีทำไข่เยี่ยวม้าในปัจจุบัน และนอกจากนี้ยังเป็นอาหารโปรดของคนในปัจจุบันด้วย[ต้องการอ้างอิง]