ไข้สมองอักเสบเจอี (อังกฤษ: Japanese encephalitis, JE) เป็นโรคติดเชื้อชนิดหนึ่งเกิดกับสมอง มีเชื้อก่อโรคคือไวรัสไข้สมองอักเสบเจอี (Japanese encephalitis virus, JEV) ผู้ป่วยส่วนใหญ่ไม่มีอาการหรือมีอาการเพียงเล็กน้อย แต่ผู้ป่วยบางรายจะมีสมองอักเสบร่วมด้วย ในรายที่มีสมองอักเสบจะมีอาการปวดศีรษะ อาเจียน มีไข้ สับสน หรือชักได้ ระยะฟักตัวของโรคอยู่ที่ 5-15 วัน[1]การป้องกันโรคทำได้โดยการรับวัคซีนโรคไข้สมองอักเสบเจอีซึ่งมีความปลอดภัยและป้องกันโรคได้ วิธีอื่นๆ ได้แก่การป้องกันไม่ให้ยุงกัด เมื่อติดเชื้อแล้วยังไม่มีการรักษาจำเพาะ รักษาได้ด้วยการรักษาตามอาการเท่านั้น ผู้ป่วยส่วนใหญ่จะต้องเข้ารับการรักษาในโรงพยาบาล ผู้ป่วยราวครึ่งหนึ่งจะมีภาวะแทรกซ้อนหลังหายจากโรค