สายการบินไชนาอีสเทิร์นแอร์ไลน์ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 25 มิถุนายน ค.ศ.1988 ภายใต้คณะกรรมการการบินพลเรือนแห่งสาธารณรัฐประชาชนจีน และควบรวมกิจการกับไชนาเจเนอรัลเอวิชัน และกลายเป็นสายการบินแห่งแรกของจีนที่เปิดขายหุ้นในตลาดระหว่างประเทศ รวมทั้งก่อตั้งสายการบินขนส่งสินค้า คือ ไชนาคาร์โกแอร์ไลน์ เพื่อทำกิจการขนส่งสินค้าร่วมกับไชนาโอเชียนชิปปิงคอมพานี ในปีค.ศ.1998 และในปีค.ศ.2001 ไชนาอีสเทิร์นแอร์ไลน์ได้ครอบครองกิจการของเกรทวอลล์แอร์ไลน์ อีกทั้งสายการบินไชนายูนนานแอร์ไลน์ และไชนานอร์ทเวสต์แอร์ไลน์ก็รวมกิจการเข้าเป็นส่วนหนึ่งของไชนาอีสเทิร์นแอร์ไลน์ในปีค.ศ.2003

ปัจจุบันรัฐบาลจีนเป็นผู้ถือหุ้นรายใหญ่ที่สุดของไชนาอีสเทิร์นแอร์ไลน์ โดยมีสัดส่วนถือครองหุ้น 61.64 %