หนึ่งปีต่อมา หลังจากเหตุการณ์ใน ไทบ้านเดอะซีรีส์ 2.2 BNK48 กลุ่มไอดอลหญิงน้องสาวจากประเทศญี่ปุ่นในประเทศไทยประสบกับปัญหาด้านความนิยมของเพลง ทำให้จ๊อบซังเจ้าของบริษัทตัดสินใจเสี่ยงในการทำเพลงลูกทุ่งอีสาน โดยจ้างก้อง ห่วยไร่ ศิลปินที่มีชื่อเสียงในด้านดนตรีและบทเพลงแนวอีสานให้มาทำโปรเจกต์เพลงของอีสานให้กับวง โดยมีค่าจ้าง 3 ล้านบาท ก่อนที่จะพาสมาชิกทั้งหมดในโปรเจกต์นี้ทั้งหมดแปดคน ได้แก่ เนย เป็นหัวหน้านำทีม โดยมีแก้ว โมบายล์ ไข่มุก ปูเป้ น้ำใส น้ำหนึ่ง ตาหวาน และพี่อิงค์ ผู้ดูแล ไปทำเพลงที่บ้านโนนคูณ จังหวัดศรีสะเกษ โดยมีเงื่อนไขว่าห้ามให้ใครรู้เด็ดขาด ก้อง ห้วยไร่มีความลับที่ซ่อนไว้คือ การติดหนี้นอกระบบ และเป็นกะเทยนาม เจ๊ก้อง ทำให้สิ่งที่เจ้ก้องทำคือการพาสมาชิกมาทำทีว่ามาฝึกฝนการร้องเพลงอีสาน เพื่อที่จะหลอกเอาเงินจากบริษัทไปใช้หนี้นอกระบบ โดยได้จาลอด เพื่อนไทบ้านที่อยู่ด้วยกันมาเป็นผู้ช่วย โดยมีมืด น้องชายของจ่าลอดที่สังเกตวงตั้งแต่แรกเห็น และพยายามจะสืบให้ได้ว่าสมาชิกหญิงแปลกหน้าทั้ง 8 คนนั้นเป็นใคร

การใช้ชีวิตในบ้านโนนคูณของเหล่า BNK เป็นไปอย่างยากลำบาก เนื่องจากเหล่าสมาชิกทั้ง 8 ผู้มีชีวิตราวกับลูกคุณหนูในเมืองไม่เคยพบ และสัมผัสกับสภาพชีวิตชนบท ต้องมาใช้ชีวิตยากลำบาก จึงมีอาการงอแงอยู่ช่วงหนึ่ง แต่ก็ใช้ชีวิตไปเรื่อย ๆ โดยหวังว่าจะได้กลับกรุงเทพในอีกไม่ช้า ขณะเดียวกันเจ๊ก้องพยายามที่จะถ่วงเวลาให้สมาชิกทำเรื่องแปลก ๆ ที่ไม่เกี่ยวกับการร้องเพลง ก่อนที่จะไปหยิบเอาเพลง โดดดิด่ง เพลงที่แต่งไว้ตั้งแต่สมัยประถมมาให้สมาชิกฝึกร้องเป็นเพลงของวง โดยไม่มีการทำความเข้าใจเพราะเจ๊ก้องไม่ได้สนใจในการทำเพลงอย่างจริง ๆ จัง ๆ มืดที่สืบจนรู้ว่าเป็นวงบีเอ็นเคโฟร์ตีเอต ได้แอบถ่ายคลิปลงเฟซบุ๊คไว้ แม้จะโดนเจ๊ก้องตักเตือนไว้ และเมื่อเห็นว่าทั้งหมดพอร้องเพลงได้แล้ว จึงพาส่งกลับไปที่กรุงเทพ เพื่อที่จะไปรับเงินมาจ่ายหนี้นอกระบบให้ทันเวลา ซึ่งผลที่ออกมาคือ เพลงโดดดิด่งที่สมาชิกอัดนั้น ไม่มีคุณภาพ ทำให้ทางจ๊อบซังไม่พอใจมาก ทำให้ทั้งหมดต้องกลับมาทำเพลงอีสานให้ดีให้จนได้ ไม่เช่นงั้นเงินค่าจ้างที่เหลือเจ๊ก้องจะไม่ได้สักบาท

การกลับมาครั้งนี้ เจ๊ก้องเริ่มจริงจังมากขึ้น แต่ก็ยังเป็นมิตรกับเหล่าสมาชิกอยู่เหมือนเดิม จ่าลอดเริ่มผูกมิตรกับเนย ขณะที่ครูแก้ว แฟนสาวของจ่าลอดไม่ค่อยพอใจสักเท่าไหร่ แต่จ่าลอดก็ยังยืนยันว่าไม่มีอะไรเกินเลยไปมากกว่าหน้าที่และการงาน เจ๊ก้องได้แรงบันดาลใจในการแต่งเพลงใหม่ ชื่อว่า จากใจผู้สาวคนนี้ โดยได้ แก้ว ผู้มีความสามารถในด้านเปียโนช่วยคิดทำนองให้ ซึ่งเมื่อสมาชิกได้ยินขอให้ช่วยให้ได้ร้องเพลงนี้ สายสัมพันธ์ระหว่างนักร้องอีสานกับนักร้องไอดอลจากกรุงเทพเริ่มแนบแน่นไปพร้อม ๆ กับการใช้ชีวิตแบบปราศจากความทันสมัย เช่นเดียวกับเคมีระหว่างจาลอดกับหมอปลาวาฬที่ยังคงอยู่ จนเมื่อสมาชิกทั้ง 8 ได้ซ้อมร้องเพลงนี้ตามที่เจ๊ก้องขอ กลับไม่จริงจัง เพราะไม่เข้าใจในความหมายของเพลง คิดว่าตัวเองร้องเพราะจึงพากันเล่นสนุก

เจ๊ก้องผิดหวังและเสียใจจึงยกเลิกการซ้อม เหตุการณ์ดังกล่าวทิ้งความรู้สึกผิดให้กับสมาชิกทั้งหมดโดยเฉพาะกับเนย ที่ต้องแบกรับความกดดันไว้ และโมบายล์ที่กลับมาตั้งใจทำความเข้าใจกับเพลง ส่วนเนยเมื่อรู้สึกท้อใจจึงมาระบายความในใจถึงความยากในการร้องเพลงอีสานให้จาลอดฟัง จาลอดให้กำลังใจเนย จนเนยมีกำลังใจกลับมาสู้ ทั้งคู่เริ่มสนิทสนมกันมากขึ้น เจ๊ก้องกลับมาขอโทษเหล่าสมาชิก และเหล่าสมาชิกก็ขอโทษเจ๊ก้องเช่นกัน ทุกอย่างเป็นไปได้ด้วยดี ทุกคนเริ่มใช้ชีวิตอยู่กับไทบ้านอย่างสนุกสนาน และการแลกเปลี่ยนวัฒนธรรมซึ่งกันและกัน พร้อมกับความสัมพันธ์ระหว่างมืด และโมบายล์ที่ค่อย ๆ เบ่งบาน ในที่สุดทั้งหมดก็สามารถร้องเพลงออกมาได้ตามที่เจ๊ก้องหวังไว้ และกลับสู่กรุงเทพเพื่อทำการอัดเพลงต่อไป

ทว่า คลิปวิดีโอที่มืดได้ถ่ายไว้ถูกเผยแพร่ลงโซเชียลมีเดียอย่างแพร่หลาย เลยเกิดเป็นกระแสในแง่ลบทั่วโซเชี่ยล รวมถึงทางต้นสังกัดสากลที่รับทราบ จึงสั่งให้จ๊อบซังยกเลิกโปรเจกต์เพลง และคอนเสิร์ตของสมาชิกที่กำลังจะเกิดขึ้น เจ๊ก้องที่รู้เรื่องเสียใจมาก แต่ก็ไม่ยอมบอกสมาชิกให้สมาชิกได้อัดเพลงจนเสร็จ จาลอดรู้เรื่องข่าวนี้เข้าจึงดุด่ามืดเป็นการใหญ่ ทำให้มืดผิดหวังในตัวเองเป็นอย่างมาก กระทั่งวันหนึ่งมีพัสดุส่งมาถึงจาลอด บัตรคอนเสิร์ตของวงถูกส่งมาให้ทั้งจาลอดและมืด ตามที่เนยได้สัญญาไว้ก่อนจะกลับกรุงเทพ ครูแก้วที่เข้าใจจาลอด จึงยอมปล่อยจาลอดไปกับมืดที่เตรียมแตงโมสลักชื่อของโมบายล์ไว้ เพราะโมบายล์ได้ขอก่อนไปว่าถ้าผลโตแล้ว อยากให้เอามาให้ตน จ่าลอดกับมืดโดยสารรถไฟเข้าสู่ตัวกรุงเทพอย่างตื่นเต้น แต่เมื่อใกล้ถึงกรุงเทพ จาลอดได้รู้จากเนยว่าคอนเสิร์ตถูกยกเลิกกลางคัน ทั้งสองจำต้องกลับศรีสะเกษอย่างเศร้าโศก โดยเฉพาะมืดที่ไม่สามารถให้แตงโมกับโมบายล์ และเสียใจที่ตนเป็นต้นเหตุให้สมาชิกเดือดร้อน

สมาชิกทั้ง 8 มารวมตัวกันอยู่ในตู้ปลาที่แทบไม่มีใครให้ความสนใจ ความเหงาและความคิดถึงชีวิตที่ศรีสะเกษ เนยได้คุยกับจาลอดแต่เพียงไม่นาน ความเสียใจที่เพลงของตัวเองไม่ได้เผยแพร่ออกมา ทำให้สมาชิกทุกคนยกเว้น เนย ร้องเพลงจากใจผู้สาวคนนี้ออกมา สมาชิกทั้ง 8 คนจึงถูกสั่งพักงานชั่วคราวเป็นเวลาหนึ่งเดือน เนื่องจากทำผิดกฏที่ร้องเพลงที่ถูกสั่งห้ามร้องออกมา โดยที่แยกย้ายไปใช้ชีวิตของตัวเอง ก่อนที่จะมารวมตัวกันอีกครั้งเมื่อจ๊อบซังเชิญทุกคนไปงานแต่งงาน โดยที่ครูแก้วเป็นผู้ที่ได้รับช่อดอกไม้จากเจ้าสาว ซึ่งสร้างความลำบากใจให้กับจาลอดมาก หลังครบกำหนดพักงาน เพลงจากใจผู้สาวคนนี้ที่สมาชิกร้องในตู้ปลานั้นกระแสไปในทิศทางที่ดีมาก จนมีการเรียกร้องให้ทำออกมาเป็นซิงเกิล ทำให้จ๊อบซังตัดสินใจนำเพลงที่อัดไว้ก่อนหน้าแล้วของสมาชิก ลงสู่โซเชียลเน็ตเวิร์คจนได้รับความนิยมถล่มทลายจนกลายเป็นเพลงลูกทุ่งอีสานเพลงแรกของวง

ทุกคนในวงดีใจเป็นอย่างมากและเตรียมที่จะจัดคอนเสิร์ตเพื่อขอบคุณแฟน ๆ อีกครั้ง แต่ทางต้นสังกัดสากลที่ทราบว่าจ๊อบซังไม่ได้ทำการเจรจาติดต่อขออนุญาตในการทำเพลงลูกทุ่ง ได้สั่งให้ลบเพลงจากใจผู้สาวคนนี้ออกจากระบบให้หมด และห้ามขึ้นร้องบนเวที ไม่เช่นนั้นแล้วทั้งวงจะต้องถูกฟ้องร้องด้วยเงินมหาศาล จ๊อบซังบอกกับสมาชิกที่เตรียมขึ้นแสดงด้วยความเสียใจ และเนยที่ยึดมั่นกับคำสอนที่จ๊อบซังกับเจ๊ก้องมอบไว้รู้สึกใจสลายกับสิ่งที่ทำมาทั้งหมด แต่ยอมขึ้นไปบนเวทีเพื่อทำการขอโทษแฟนคลับด้วยความเสียใจ แฟนคลับที่มาชมกลับไม่ถือโทษโกรธเคือง ให้กำลังใจ และร้องเพลงจากใจผู้สาวคนนี้ให้ฟัง ทั้ง 8 ซาบซึ้งใจที่แฟนคลับตอบแทนตน จึงร่วมกันร้องเพลงบางท่อนออกมา ก่อนที่เนยจะร้องไห้ สมาชิกที่เหลือพากันกอดคอให้กำลังใจซึ่งกันและกัน ท่ามกลางเสียงเชียร์ของแฟนคลับในคอนเสิร์ต และรอรับผลที่จะได้รับจากการกระทำของตัวเองจากการร้องเพลงนี้จากทางต้นสังกัดสากล

จาลอดกลับมาคุยกับหมอปลาวาฬอีกครั้ง โดยหมอปลาวาฬตกลงที่จะเป็นเพื่อนกันกับจาลอด ถ้าหากเขาจะมองว่าเธอเป็นเพื่อนอยู่ ปูเรื่องเข้าสู่ หมอปลาวาฬ หนังภาคแยกลำดับต่อไปของจักรวาลไทบ้าน