หลังการเปิดตัวใช้งานไทยชนะได้มีการเปิดเว็บไซต์ฟิชชิงในลักษณะเลียนแบบไทยชนะเกิดขึ้น นอกจากนี้ยังมีกระแสวิพากษ์วิจารณ์ถึงความเป็นส่วนตัวและความโปร่งใสของโครงการเกิดขึ้น

ความเป็นส่วนตัวของผู้ใช้

ปรเมศวร์ มินศิริ ผู้ก่อตั้งเว็บไซต์กระปุกดอตคอม ระบุผ่านบีบีซีไทยว่า[4] ไทยชนะทำให้เขารู้สึกว่า "สิทธิของประชาชนบางมาก" พร้อมทั้งแสดงความคิดเห็นว่าไทยชนะมีการเก็บข้อมูลที่เป็นการรุกล้ำความเป็นส่วนตัวออนไลน์ของประชาชนผ่านการเก็บข้อมูลที่อยู่ของผู้ใช้ซึ่งเขาและผู้ประกอบการด้านออนไลน์บางกลุ่มมองว่าไม่มีความจำเป็น ในขณะที่สฤณี อาชวานันทกุล นักวิชาการอิสระด้านสิทธิพลเมืองให้ความเห็นว่า[5] การเก็บข้อมูลของไทยชนะนั้นขาดความโปร่งใสในการเก็บข้อมูล พร้อมทั้งตั้งข้อสงสัยว่าไม่มีการระบุหน่วยงานที่เกี่ยวข้องบนหน้าการใช้งานของไทยชนะ นอกจากนี้เธอยังตั้งข้อสงสัยถึงความเกี่ยวข้องของธนาคารกรุงไทยซึ่งระบุชื่อในฐานะผู้ให้บริการไทยชนะว่ามีความเกี่ยวข้องกับการเก็บข้อมูลมากน้อยเพียงใด

กรณีข้อความขยะในมือถือของผู้ใช้งาน

หลังการเปิดตัวไทยชนะได้ไม่นาน ผู้ใช้งานไอโฟนและระบบปฏิบัติการไอโอเอสในประเทศไทยจำนวนมากได้รับข้อความขยะเชิงเชิญชวนให้เล่นเกมหรือการพนันออนไลน์ผ่านทางแอปพลิเคชันไอแมสเสจ ผู้ใช้อินเทอร์เน็ตจำนวนมากได้ตั้งข้อสงสัยว่าการที่ข้อมูลหมายเลขโทรศัพท์รั่วไหลนี้อาจมีความเกี่ยวข้องกับการเก็บข้อมูลของไทยชนะ[6] อย่างไรก็ตาม กระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคมและสำนักงานพัฒนารัฐบาลดิจิทัล (องค์การมหาชน) ผู้ร่วมพัฒนาไทยชนะได้ออกมาชี้แจงปฏิเสธว่าไม่มีความเกี่ยวข้องกันกับไทยชนะ[7]