เมื่อการแข่งขันฟุตบอลระดับลีกต่าง ๆ ในฤดูกาล 2562 สิ้นสุด ตามกำหนดเดิมจะมีสโมสรที่ตกชั้นจากไทยลีก 2 มายังไทยลีก 3 จำนวน 3 สโมสรได้แก่ ราชนาวี, อุบล ยูไนเต็ด และ อยุธยา ยูไนเต็ด ซึ่งทั้งสามสโมสรต่างมีที่ตั้งอยู่ในกลุ่มตอนบนของประเทศ และสโมสรที่เลื่อนชั้นขึ้นไปยังไทยลีก 2 ได้แก่ ขอนแก่น ยูไนเต็ด และ แพร่ ยูไนเต็ด จากตอนบนและ นครปฐม ยูไนเต็ด จากตอนล่าง ฝ่ายจัดการแข่งขันจึงตัดสินให้ บางกอก เปลี่ยนมาแข่งขันในตอนล่างแทนเพื่อให้จำนวนทีมในแต่ละโซนเท่ากัน[2] อย่างไรก็ตามในเวลาต่อมา สโมสรฟุตบอล 3 สโมสรในไทยลีกและไทยลีก 2 ได้แก่ พีทีที ระยอง, ไทยฮอนด้า และ อาร์มี่ ยูไนเต็ด ได้ประกาศไม่ส่งทีมเข้าแข่งขันในฤดูกาล 2563[3] ในขณะที่ อุบล ยูไนเต็ด ไม่ผ่านคลับไลเซนซิงและถูกปรับตกชั้น[4] ส่งผลทำให้จำนวนสโมสรในระดับไทยลีกและไทยลีก 2 ขาดไป เพื่อไม่ให้กระทบต่อตารางการถ่ายทอดสด สมาคมฟุตบอลฯ จึงมีมติให้เพิ่มจำนวนทีมที่ขาดไปให้ครบ 16 และ 18 ทีม[4] โดยให้สโมสรในกลุ่มตกชั้นที่ผ่านคลับไลเซนซิงได้แก่ ราชนาวี และ อยุธยา ยูไนเต็ด ยังคงแข่งขันในไทยลีก 2 ต่อไป และให้ แกรนด์ อันดามัน ระนอง ยูไนเต็ด ซึ่งเป็นสโมสรอันดับที่ 4 ของไทยลีก 3 เลื่อนชั้นขึ้นไทยลีก 2 อีกสโมสรหนึ่ง โดยสรุปจึงไม่มีสโมสรตกชั้นจากไทยลีก 2 และมีสโมสรที่เลื่อนชั้นสู่ไทยลีก 2 จำนวน 4 สโมสร และเพื่อให้จำนวนสโมสรในตอนบนและตอนล่างเท่ากัน ฝ่ายจัดการแข่งขันได้ให้จามจุรี ยูไนเต็ด ย้ายไปแข่งขันในตอนบน ส่วน บางกอก ยังคงแข่งขันในตอนล่างตามประกาศเดิม[1]

สโมสรที่ตกชั้นจากไทยลีก 3 ประกอบด้วย นาวิกโยธิน ยูเรก้า จากตอนบน ทหารบก และ สุราษฎร์ธานี จากตอนล่าง ในขณะที่ สีหมอก ประกาศยุบทีมระหว่างการแข่งขันและถูกระงับสมาชิกภาพ[5] ส่วนสโมสรที่เลื่อนชั้นจากไทยลีก 4 ได้แก่ วัดโบสถ์ ซิตี้ และ เมืองเลย ยูไนเต็ด จากตอนบน และ ปัตตานี และ มหาวิทยาลัยปทุมธานี จากตอนล่าง

ในฤดูกาล 2563 มีสโมสรที่ย้ายสนามเหย้าจำนวน 5 สโมสร โดย บางกอก ย้ายจาก เอสซีจีสเตเดียม ไปใช้สนามกีฬามหาวิทยาลัยกรุงเทพ[1] ราชประชาย้ายจากธนบุรีสเตเดียมไปใช้ลีโอสเตเดียม[6] วัดโบสถ์ ซิตี้ย้ายไปใช้พิจิตร สเตเดียมเป็นสนามเหย้าชั่วคราวในเลกแรกเนื่องจากสนามกีฬาองค์การบริหารส่วนจังหวัดพิษณุโลกที่จะใช้เป็นสนามเหย้ายังปรับปรุงไม่แล้วเสร็จ โดยวัดโบสถ์เคยใช้สนามนี้แข่งขันในรอบแชมเปียนส์ลีกของไทยลีก 4 ฤดูกาลก่อนหน้าด้วยเช่นกัน[7] เมืองเลย ยูไนเต็ดย้ายจากสนามกีฬากลางอำเภอวังสะพุงไปใช้สนามกีฬากลางจังหวัดเลย (เลยริเวอร์ไซด์สเตเดียม)[8] ในขณะที่บ้านบึงซึ่งเคยย้ายไปแข่งขันที่จังหวัดภูเก็ตและใช้ชื่อภูเก็ต ซิตี้ได้ตัดสินใจย้ายกลับมาแข่งขันที่จังหวัดชลบุรีตามเดิม เนื่องจากไม่ประสบความสำเร็จตามคาดหวัง โดยใช้สนามกีฬามหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ วิทยาเขตชลบุรีเป็นสนามเหย้าในฤดูกาล 2563[9]

นอกจากนี้ อุบลราชธานี ได้เปลี่ยนมาใช้ชื่อ "อุบล ครัวนภัส" ตามชื่อผู้สนับสนุนได้แก่ บริษัทครัวนภัสซึ่งเป็นธุรกิจผลิตภัณฑ์อาหารในจังหวัดอุบลราชธานี[10]