มีสโมสรที่เข้าร่วมการแข่งขันทั้งสิ้น 18 สโมสร ประกอบด้วย 15 สโมสรจากฤดูกาล 2558 และอีก 3 สโมสรที่เลื่อนชั้นมาจากไทยลีกดิวิชัน 1 2558

โดยมี 2 ทีมตกชั้น การท่าเรือ และ ทีโอที ไปเล่น ไทยลีกดิวิชัน 1 2559 (สระบุรีได้ขอถอนทีมออกจากการแข่งขัน ส่งผลให้ บีอีซี เทโรศาสน ได้เล่นในฤดูกาลนี้แทน)

3 ทีมที่ดีที่สุดจาก ไทยลีกดิวิชัน 1 2558 ทีมรองชนะเลิศ พัทยา ยูไนเต็ด, อันดับที่สาม สุโขทัย, และ อันดับที่สี่ บีบีซียู (ทีมชนะเลิศ เพื่อนตำรวจ ไม่ผ่านคุณสมบัติคลับไลนเซนซิ่งของไทยลีก ส่งผลให้ ทีมอันดับที่สี่ บีบีซียู ได่เล่นในฤดูกาลนี้แทน)

สนามเหย้าและที่ตั้ง

การเปลี่ยนชื่อ

• เอ็มพาวเวอร์ สมุทรปราการ เปลี่ยนชื่อสโมสรเป็น "ซุปเปอร์ พาวเวอร์ สมุทรปราการ"[6]
• พัทยา ยูไนเต็ด เปลี่ยนชื่อสโมสรเป็น "พัทยา เอ็นเอ็นเค ยูไนเต็ด" ตามชื่อผู้สนับสนุนหลัก

การเปลี่ยนสนาม

• แบงค็อก ยูไนเต็ด เลือกใช้ สนามฟุตบอลธรรมศาสตร์ รังสิต ใน จังหวัดปทุมธานี, โดยมีการเปลี่ยนแปลงจากฤดูกาลที่ผ่านมาที่พวกเขาใช้สนาม สนามกีฬาไทย-ญี่ปุ่น ดินแดง ใน กรุงเทพมหานคร ในฐานะสนามเหย้าของพวกเขาในปี 2558.
• สุโขทัย ขอใช้ สนามทีโอที แจ้งวัฒนะ ใน กรุงเทพมหานคร แทนที่ สนามทุ่งทะเลหลวง สาเหตุอันเนื่องมาจากมีเหตุติดโทษแบนห้ามลงเล่นสนามเหย้าของตัวเอง 1 นัด โดยเป็นเกมการแข่งขันที่พบกับ บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด เมื่อวันที่ 23 เมษายน พ.ศ. 2559
• ราชบุรี มิตรผล เปลี่ยนมาใช้ มิตรผลสเตเดียม เป็นสนามเหย้าแห่งใหม่โดยเป็นการใช้สนามเหย้าแห่งใหม่ครั้งแรกโดยเป็นเกมการแข่งขันที่พบกับ อาร์มี่ ยูไนเต็ด เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2559
• เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด ใช้สนามศุภชลาศัย ในการแข่งขันนัดที่พบกับบีบีซียู ในวันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2559 เนื่องจากอยู่ระหว่างการสอบสวนในเหตุทะเลาะวิวาทหลังเกมที่พบกับการท่าเรือ ในการแข่งขันโตโยต้า ลีกคัพ 2559 เมื่อวันที่ 14 กันยายน พ.ศ. 2559[7]

ข้อมูลสโมสรและผู้สนับสนุน

หมายเหตุ: ธงชาติที่ระบุทีมชาตินั้นเป็นไปตามกฎข้อบังคับของฟีฟ่า ผู้เล่นสามารถถือสัญชาติที่ไม่เป็นไปตามฟีฟ่าได้มากกว่าหนึ่งสัญชาติ

การเปลี่ยนแปลงผู้จัดการทีม