ไทยลีกดิวิชัน 1 ฤดูกาล 2549 เป็นการแข่งขันฟุตบอลลีกระดับสองของไทย โดยเป็นฤดูกาลที่ 9 ของการแข่งขัน โดยมี 12 สโมสรร่วมการแข่งขัน โดยในฤดูกาลนี้ สโมสรที่จบด้วยตำแหน่งชนะเลิศ และ รองชนะเลิศ จะได้สิทธิ์เลื่อนชั้นแข่งขันใน ไทยลีก โดยอัตโนมัติ และสองทีมอันดับสุดท้ายจะตกชั้นไปทำการแข่งขันใน ไทยลีกดิวิชัน 2 ซึ่งเป็นลีกใหม่ที่ทาง สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ จัดขึ้นมารองรับ