ในฤดูกาลนี้ มีการเปลื่ยนแปลงกฎการเลื่อนชั้น-ตกชั้น เพื่อให้สอดคล้องกับการรวมลีกในอนาคต จึงทำให้ในฤดูกาลนี้จะไม่การเพลย์ออฟเลื่อนชั้น-ตกชั้น โดยจะให้สโมสรชนะเลิศและรองชนะเลิศของการแข่งขัน เลื่อนชั้นไปทำการแข่งขันใน ไทยลีก โดยอัตโนมัติ[1] และสืบเนื่องจากการที่ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ได้จัดการแข่งขัน ไทยลีกดิวิชัน 2 ขึ้นมาเป็นลีกระดับสาม แทนที่ ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ทำให้มีการเปลื่ยนแปลงคือให้สองทีมอันดับสุดท้ายของตาราง (อันดับที่ 11 และ 12) ตกชั้นไปทำการแข่งขันในดิวิชั่น 2 ปี 2550