ไทยลีก อเมเจอร์ ทัวร์นาเมนต์ ถือกำเนิดขึ้นจากแนวความคิดของ พล.ต.อ.สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง นายกสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ที่ต้องการพัฒนาฟุตบอลระดับล่างให้ดีขึ้นเพื่อเป็นการพัฒนาโครงสร้างฟุตบอลไทยโดยได้ยุบรวมฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข., ค. และ ง. เข้าด้วยกันและปรับเป็นระบบฟุตบอลลีกตามแบบสากล[1]

วันที่ 20 กันยายน พ.ศ. 2559 ที่สมาคมกีฬาฟุตบอล อาคารพงษ์สุภี พลตำรวจเอกสมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง นายกสมาคมกีฬาฟุตบอลได้เป็นประธานในการจับสลากแบ่งโซนสำหรับฟุตบอลดิวิชั่น 3 โดยแบ่งโซนออกเป็น 5 โซนและมีทีมที่เข้าร่วมแข่งขันทั้งสิ้น 104 ทีม

วันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ. 2559 สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ได้ทำการเปลี่ยนชื่อลีกจาก ฟุตบอลดิวิชัน 3 เป็น ไทยลีก อเมเจอร์ ทัวร์นาเมนต์ (TA)