การแข่งขันในโซนกรุงเทพมหานครจะแบ่งออกเป็น 3 รอบ ได้แก่รอบคัดเลือก รอบมินิลีก และรอบชิงชนะเลิศประจำโซน ดังนี้

1. รอบคัดเลือก ในรอบนี้สโมสรที่เข้าแข่งขันจะถูกแบ่งออกเป็น 8 กลุ่มย่อย ได้แก่เอ 1 ถึงเอ 4 และบี 1 ถึงบี 4 (สำหรับกลุ่มเอและกลุ่มบีในรอบมินิลีกตามลำดับ) โดยในแต่ละกลุ่มย่อยจะมีจำนวน 3 หรือ 4 สโมสร กลุ่มที่มี 3 สโมสรจะแข่งขันกันแบบมินิลีก โดยสโมสรที่ชนะจากแต่ละกลุ่มย่อยจะได้ผ่านเข้าสู่รอบมินิลีกต่อไป ส่วนกลุ่มที่มี 4 สโมสรจะแบ่งการแข่งขันออกเป็น 2 คู่ แล้วนำผู้ชนะของแต่ละคู่มาแข่งกันเพื่อหา 1 สโมสรเข้าสู่รอบมินิลีก
2. รอบมินิลีก 8 สโมสรที่ผ่านเข้ามาในรอบนี้จะแบ่งออกเป็นสองกลุ่ม ได้แก่กลุ่มเอและกลุ่มบี โดยแต่ละกลุ่มจะแข่งขันกันแบบพบกันหมด สโมสรที่ชนะเลิศจากแต่ละกลุ่มจะได้ผ่านเข้าชิงชนะเลิศประจำโซน
3. รอบชิงชนะเลิศประจำโซน สโมสรที่ชนะเลิศจากทั้งสองกลุ่มจะแข่งขันกันเพื่อชิงตำแหน่งชนะเลิศประจำโซนกรุงเทพมหานคร โดยผู้ชนะจะได้ผ่านเข้าไปแข่งขันกับสโมสรที่ชนะเลิศจากโซนปริมณฑลเพื่อชิงสิทธิ์เลื่อนชั้นสู่ไทยลีก 4 ในฤดูกาล 2562