โดยที่ฤดูกาลนี้ ทาง สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ในฐานะผู้ดูแลการแข่งขัน ได้มีการปรับโครงสร้างลีกขึ้น โดยกำหนดให้ ไทยลีก มีจำนวนทีมทำการแข่งขันเหลือเพียง 12 สโมสร

โดยสาระสำคัญอยู่ที่ หลักเกณฑ์การเลื่อนชั้น/ตกชั้น โดยตั้งแต่ฤดูกาล 2540 เป็นต้นไป สโมสรที่จบอันดับสุดท้ายของการแข่งขัน จะต้องตกชั้นไปทำการแข่งขัน ลีกดิวิชั่น 1 โดยอัตโนมัติ และสโมสรอันดับรองสุดท้าย จะต้องไปทำการแข่งขัน เพลย์ออฟ กับ สโมสรรองชนะเลิศการแข่งขัน ดิวิชั่น 1 โดยรวมผลสองนัด สโมสรใดชนะประตูรวมสองนัดมากที่สุด จะได้สิทธิ์แข่งขันในไทยลีกฤดูกาลถัดไป