ในปัจจุบัน ต้นทุนการผลิตไบโอดีเซล ยังมีราคาแพงกว่าดีเซลจากปิโตรเลียมเมื่อไม่นับรวมถึงอัตราภาษีสรรพสามิต ในประเทศเยอรมนี ในปีพ.ศ. 2548 มีกำลังการผลิต 2 ล้านตันต่อปี ราคาจำหน่ายตามสถานีประมาณ 45 บาทต่อลิตร ซึ่งมีราคาถูกกว่าน้ำมันดีเซลเพราะมีการยกเว้นภาษีสรรพสามิต

ประเทศไทยริเริ่มโครงการไบโอดีเซลเมื่อ ปีพ.ศ. 2543 และได้มีการติดตั้งระบบผลิตเอทธิลเอสเตอร์โดยโครงการส่วนพระองค์สวนจิตรลดา ตั้งแต่ 7 พฤษภาคม พ.ศ. 2547 และได้มีการพัฒนาโครงการไบโอดีเซลชุมชนที่ จ.เชียงใหม่ (มีนาคม พ.ศ. 2549) มีไบโอดีเซล 5% (B5) จำหน่ายในสถานีของ ปตท. และบางจาก ในกทม. และเชียงใหม่ (ตามโครงการล้านนาฟ้าใสไบโอดีเซล) ทั้งหมด 15 สถานี ปัจจุบัน มีไบโอดีเซล 20% (B20) มีส่วนประกอบของน้ำมันไบโอดีเซล 20% และดีเซล 80% ไบโอดีเซลเป็นเชื้อเพลิงดีเซลที่ผลิตจากแหล่งทรัพยากรหมุนเวียน เช่น ปาล์มน้ำมัน คุณสมบัติสำคัญของไบโอดีเซลคือ สามารถย่อยสลายได้เองตามกระบวนการชีวภาพในธรรมชาติ และไม่เป็นพิษต่อสิ่งแวดล้อม น้ำมันดีเซล B20 เหมาะสำหรับกลุ่มรถบรรทุกขนาดใหญ่ และรถกระบะ ที่บริษัทผู้ผลิตรถยนต์รับรองให้สามารถใช้ได้เท่านั้น จำหน่ายในสถานีของ ปตท., เชลล์, พีที, คาลเท็กซ์, ซัสโก้ และบางจาก ใน 14 จังหวัด