การวิเคราะห์ไบโอมาร์คเกอร์สามารถวิเคราะห์ทั้งน้ำมันดิบ และสารสกัดของหินต้นกำเนิดปิโตรเลียม บิทูเมน โดยมีขั้นตอนดังนี้

• ตัวอย่างที่เป็นหินจะต้องนำมาบดและทำการสกัดก่อน จะได้เป็นบิทูเมน
• นำตัวอย่างน้ำมันดิบ และบิทูเมน มาทำการแยกส่วนที่เป็นยางมะตอยออก
• นำตัวอย่างที่ได้มาทำการแยกชนิดของสารประกอบไฮโดรคาร์บอนด้วยโครมาโตรกราฟีแบบคอลัมน์ ดังรูปที่ 1
• แล้วนำมาวิเคราะห์ไบโอมาร์คเกอร์ โดยการวิเคราะห์หาองค์ประกอบของตัวอย่างด้วยเครื่องแก๊สโครมาโตรกราฟี หรือแมสสเปกโตรมิเตอร์ หรือ เครื่องแก๊สโครมาโตรกราฟี-แมสสเปกโตรมิเตอร์ หรือ เครื่องแก๊สโครมาโตรกราฟี-แมสสเปกโตรมิเตอร์-แมสสเปกโตรมิเตอร์

 โดยสรุปขั้นตอนตามแผนภาพที่ 1