ในปี 2553 ไพฑูรย์ นนทะดี ถูกไบรอัน ร็อบสันกุนซือทีมชาติไทยในขณะนั้น เรียกติดทีมชาติไทยครั้งแรกในการแข่งขันกระชับมิตรกับทีมชาติแอฟริกาใต้ เมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม พ.ศ. 2553 ที่สนามเอ็มบอมเบลา สเตเดียม โดยถูกส่งลงสนามแทนธีรเทพ วิโนทัย ในช่วง 20 นาทีสุดท้าย

เดือนตุลาคม พ.ศ. 2556 เขาถูกเรียกติดทีมชาติอีกครั้งในยุคที่มีสุรชัย จตุรภัทรพงษ์เป็นโค้ชทีมชาติ ในการแข่งขันเอเชียนคัพ 2015 รอบคัดเลือก ที่พบกับทีมชาติอิหร่าน ที่กรุงเตหะราน แต่ไม่ได้ถูกส่งลงสนามเนื่องจากมีอาการบาดเจ็บ