ระบบเกมส์ในภาคนี้ยังคงไว้เหมือนใน ไฟนอลแฟนตาซี I ทั้งระบบการซื้อขายอาวุธ เครื่องป้องกัน เวทมนตร์ยังคงได้จากการใช้เงินซื้อเช่นเคย ระบบการต่อสู้ก็ยังผลัดกันโจมตีคนละหนึ่งตากับทางศัตรูเหมือนเดิม สิ่งที่เปลี่ยนไปคือการเพิ่มระดับของตัวละคร ในภาคนี้ได้ตัดเลเวลออกไป แต่ตัวละครจะสามารถพัฒนาได้ด้วยระบบความถนัดแทน โดยถ้าตัวละครกระทำอะไรบ่อยๆ ความถนัดนั้นก็จะเพิ่มขึ้น เช่นถ้าใช้ดาบบ่อยๆ ความสามารถในการใช้ดาบก็จะเพิ่ม ถ้าใช้เวทมนตร์บ่อยๆ ค่าจิตใจก็จะเพิ่ม (ซึ่งต่อมาระบบนี้ได้ถูกนำไปใช้ในเกมส์ตระกูลซาก้าฟรอนเทียร์ในเวลาต่อมา)