ระบบของเกมไฟนอล แฟนตาซี 8 ถือว่าเป็นอีกครั้งที่มีการทดลองระบบใหม่ๆค่อนข้างมาก อาจเรียกได้ว่าเป็นการปฏิวัติรูปแบบระบบการเล่นของไฟนอลแฟนตาซีครั้งใหญ่ครั้งหนึ่งทีเดียว เช่นการตัด MP ออกไป และให้ใช้คาถาในแบบของไอเทมแทน หรือหีบสมบัติที่ถูกแทนที่ด้วยจุดดรอว์คาถา โดยผู้สร้างให้เหตุผลว่า เป็นการไม่สมจริงหากจะมีหีบสมบัติวางอยู่ตามสถานที่ต่างๆ ด้วยเหตุนี้เองทำให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์จากแฟนๆอยู่ไม่น้อยถึงระบบที่เปลี่ยนไปจนบางครั้งสร้างความยุ่งยากในการเล่น

ระบบคาถา

ในภาคนี้ ตัวละครทุกตัวจะถูกตัดค่า MP ออกไป การใช้คาถาในภาคนี้ไม่จำเป็นต้องพึ่ง MP อีกแล้ว แต่จะถูกใช้ในลักษณะเดียวกับไอเทม นั่นคือเป็นการสะสม 'จำนวน' ของคาถา สะสมไว้ได้เท่าไหร่ก็สามารถใช้ได้จำนวนครั้งเท่านั้น โดยสามารถได้คาถามาจากการ 'ดรอว์'(Draw) นั่นคือการสูบพลังเวทมนตร์มาจากศัตรู หรือตามสถานที่ต่างๆ ซึ่งในภาคนี้เกมจะกำหนดจุดที่สามารถดรอว์คาถามาให้แทนที่หีบสมบัติซึ่งถูกตัดออกไปเพื่อความสมจริงเข้ากับยุคสมัยในเกม

ระบบจังก์ชั่น

จังก์ชั่น (Junction) เป็นระบบหลักของไฟนอล แฟนตาซี 8 ซึ่งพัฒนามาจากระบบมนต์อสูรในภาค 6 โดยในภาคนี้ สัตว์อสูรจะถูกเรียกโดยรวมว่า การ์เดี้ยนฟอร์ซ (Guardian Force - GF) เมื่อตัวละครทำการสวมใส่ GF แล้ว ก็จะได้รับความสามารถพิเศษบางอย่างที่มีเฉพาะใน GF นั้นๆมาด้วย นอกจากนี้ยังเปิดโอกาสให้ตัวละครทำการ 'จังก์ชั่น' หรือเชื่อมโยงคาถาที่มีเข้ากับสเตตัสต่างๆที่เกี่ยวข้องกัน ตัวอย่างเช่น หากทำการจังก์ชั่นคาถาฟื้นพลังเข้ากับค่า HP ก็จะทำให้พลังชีวิตสูงสุดเพิ่มขึ้น ยิ่งคาถาฟื้นพลังเป็นระดับสูง พลังชีวิตที่เพิ่มก็ยิ่งมากตามไปด้วย หรือหากจังก์ชั่นคาถาไฟเข้ากับพลังโจมตี ก็จะทำให้ตัวละครโจมตีด้วยธาตุไฟ เป็นต้น

ลิมิตเบลค

สำหรับภาคนี้นั้นLimit Break จะแตกต่างจากภาคก่อนๆมาก โดยที่ Limit Breakของแต่ละคนนั้น จะมีการควบคุมของตนเองที่แตกต่างกันไป ไม่เหมือนภาค 7 ที่แค่กดคำสั่ง(ยกเว้น Tifaของภาค 7)ซึ่งLimit Breakจะใช้ได้ตลอดเมื่อพลังชีวิตเหลือน้อยหรือใช้เวทย์AuraSquall LeonhartRenzokuken เป็นการโจมตีด้วย Gunblade เข้าใส่ศัตรูเป็นชุด ๆ จะก่อความเสียหายเป็นอย่างมาก เมื่อใช้ Limit Break จะมีแถบปรากฏด้านล่าง ถ้าแสงเคลื่อนที่เข้ามาในช่องที่สอง ให้กดปุ่ม E ทำให้โจมตีที่รุนแรงขึ้นไปอีกตอนจบยังโจมตีด้วย Renzokuken จะมีการโจมตีท่าสุดท้ายซึ่งเป็นท่าใดเกิดจาการสุ่ม ซึ่งแน่นอนว่าจะเกิดหรือไม่เกิดก็ได้ และจะแสดงออกมาแล้วแต่อาวุธที่ Squall ถือด้วย

ท่า Renzokuken มีทั้งหมด 4 ท่า ดังนี้

Rough Divide จะพุ่งเข้าใส่ศัตรูตัวใดตัวหนึ่ง แล้วฟันใส่ศัตรู

Fated Circle กระโดดขึ้นไปในอากาศ แล้วหมุน Gunblade แล้วปล่อยคลื่นพลังงานใส่ศัตรูทุกตัว

Blasting Zone จะมีลำแสงออกจาก Gunblade ขึ้นด้านบน จากนั้น Squall จะฟันมันลงมาใส่ศัตรูทุกตัว

Lion Heart ทำให้ศัตรูกระเด็นขึ้นไปในอากาศ แล้วปลดปล่อยการโจมตีอันรุนแรงระดมใส่ศัตรู ซึ่งการโจมตีนี้ เป็นการโจมตีที่รุนแรงที่สุดในเกม ซึ่งอาจทำความเสียหายได้ 100,000 แต้มทีเดียว

ระดับประสบการณ์

ระบบเลเวลของภาคนี้มีสิ่งที่พิเศษคือ ศัตรูในเกมจะมีเลเวลที่สูงขึ้นตามเลเวลของตัวละคร ซึ่งเป็นการลดช่องว่างระหว่างศัตรูช่วงต้นเกมและตัวละครที่เก่งแล้วลงไปได้ แต่เสียงตอบรับจากแฟนเกมไม่ค่อยจะดีนัก