เกมในภาคนี้เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับทวีป Elibe และเป็นเรื่องราวก่อนภาค Fire Emblem: Fūin no Tsurugi ด้วยเหตุนี้เรื่องราวประวัติศาสตร์ และ ตัวละครบางตัวจึงมีความเกี่ยวเนื่องกันระหว่างเกมทั้งสองภาค[3] เกมภาคนี้เริ่มโดยข้อความอธิบายถึงประวัติศาสตร์ของทวีป Elibe กว่าหลายพันปีก่อนหน้าเรื่องราวในเกม มนุษย์ และ มังกร อาศัยอยู่ในโลก อย่างไรก็ตามสันติภาพได้ถูกทำลายเมื่อมนุษย์ต่อสู้กับมังกร ในสงครามอันแสนเจ็บปวด นาม The Scouring หลังจากพ่ายแพ้ มังกรไปหายไปจากโลก และ มนุษย์ไปแผ่ขยายอำนาจครอบครองแต่เพียงเผ่าพันธุ์เดียว[5]

ผู้เล่นได้รับบทบาทเป็นนักวางแผนที่พบกับตัวละครหญิง นาม Lyndis ใน Sacae ระหว่างเรื่องราวของ Lyn's tale ซึ่งเป็นส่วนแรกของเกม Lyn พบว่าเธอเป็นหลานสาวของ Hausen marquess of Caelin(คาดว่า เทียบเท่าเจ้าเมือง) เธอรวบรวมสมัครพรรคพวกในการที่จะป้องกันไม่ให้ Lundgren น้องของตาของเธอขึ้นครองเมือง Lundgren วางยา marquess นอกจากนี้ยังส่งทหารเพื่อไปกำจัด Lyn และ ทุกคนที่รู้ฐานะที่แท้จริงของ Lyn เนื่องจากเธออยู่ในฐานะที่สูงกว่าในการขึ้นครองตำแหน่ง ในที่สุด Lyn เอาชนะ Lundgren ได้ และ ได้พบกับตาของเธอ

ในอีกยี่สิบฉากถัดมา (Eliwood's tale) เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับ Eliwood, Hector และเพื่อน (ซึ่งรวมถึง Lyndis) ที่ต้องตามล่ากลุ่มองค์กรร้าย ที่รู้จักในนาม Black Fang ซึ่งองค์กรนี้ขยายตัวจากร่างแยกคล้ายมนุษย์ ที่รับใช้ Nergal พวกมันฆ่าผู้คนเพื่อนำเอา quintessence (พลังชีวิต) และ เพื่อแผ่ขยายอำนาจ[6] Black Fang เผชิญหน้ากับ Eliwood เนื่องจากได้จับตัว Lord Elbert พ่อของเขาไป จุดมุ่งหมายสูงสุดของกลุ่มตัวเอกในเรื่อง คือ การป้องกันไม่ให้ Nergal ใช้พลังชีวิตของเพื่อนของพวกเขา คือ Ninian และ Nils ในการเปิดประตู Dragons' Gate ซึ่งเป็นประตูมิติที่เชื่อมไปยังที่อยู่ของเหล่ามังกร และ ก่อให้เกิดสงครามขึ้นใน Elibe ในการตามล่าของ Black Fang ของ Eliwood และ พรรคพวก พวกเขาได้กำจัดหัวหน้าคนสำคัญหลายคนของ Black Fang และ รวมถึงการดึงตัวหลายๆคนเข้ามาร่วมกลุ่มด้วย เกมจบลงเมื่อ Eliwood และกลุ่ม สังหาร Nergal และ มังกรที่ถูกเรียกออกมาโดยพลังชีวิตของ Nergal Eliwood ได้ขึ้นเป็น marquess of Pherae และ Hector ได้เป็น marquess of Ostia