ระบบคอมพิวเตอร์สมัยใหม่ส่วนมากได้จัดเตรียมวิธีการสำหรับป้องกันไฟล์จากความเสียหายทั้งโดยตั้งใจและไม่ตั้งใจ คอมพิวเตอร์ที่สามารถมีผู้ใช้ได้หลายคนนำสิทธิการเข้าถึงไฟล์มาใช้ควบคุมว่าใครจะสามารถแก้ไข ลบ หรือสร้างไฟล์และโฟลเดอร์ใดได้หรือไม่ได้ ตัวอย่างเช่น ผู้ใช้หนึ่ง ๆ อาจได้รับสิทธิการอ่านไฟล์หรือโฟลเดอร์หนึ่งเพียงอย่างเดียว แต่ไม่ให้แก้ไขหรือลบไฟล์หรือโฟลเดอร์นั้น หรือผู้ใช้อาจได้รับอนุญาตให้อ่านและแก้ไขไฟล์หรือโฟลเดอร์อื่น แต่ไม่ให้สั่งกระทำการไฟล์หรือโฟลเดอร์นั้นก็ได้ เป็นต้น สิทธิการเข้าถึงไฟล์อาจใช้สำหรับการอนุญาตให้ผู้ใช้จำเพาะบางรายสามารถเข้าถึงเนื้อหาของไฟล์หรือโฟลเดอร์ที่ต้องการ สิทธิการเข้าถึงไฟล์นี้ช่วยป้องกันการก้าวก่ายโดยไม่ได้รับอนุญาตหรือการทำลายสารสนเทศในไฟล์ และช่วยรักษาสารสนเทศส่วนบุคคลให้เป็นความลับจากผู้ใช้อื่นที่ไม่ได้รับอนุญาต

กลไกการป้องกันอีกอย่างหนึ่งที่ใช้ในคอมพิวเตอร์หลายระบบคือ ตัวบ่งชี้อ่านอย่างเดียว (read-only flag) เมื่อไฟล์ใดไฟล์หนึ่งตั้งตัวบ่งชี้นี้ (ซึ่งสามารถกระทำได้โดยโปรแกรมคอมพิวเตอร์หรือโดยผู้ใช้ที่เป็นมนุษย์) ไฟล์นั้นจะยังคงอ่านได้แต่แก้ไขไม่ได้ ตัวบ่งชี้นี้มีประโยชน์ในการป้องกันสารสนเทศวิกฤตมิให้ถูกแก้ไขหรือถูกลบ เช่นไฟล์พิเศษที่ถูกใช้โดยส่วนประกอบภายในของระบบคอมพิวเตอร์เท่านั้น บางระบบมี ตัวบ่งชี้ซ่อน (hidden flag) เพื่อซ่อนไฟล์บางไฟล์ไม่ให้เห็น ระบบคอมพิวเตอร์ใช้ตัวบ่งชี้นี้เพื่อซ่อนไฟล์ระบบที่สำคัญที่ผู้ใช้ทั่วไปไม่ควรเปลี่ยนแปลง