แม้หลักฐานโบราณคดีจะชี้ว่าชาวไมซีนีเป็นคนชาติพันธ์กรีก และพูดภาษากรีก แต่ชื่อ มูแคไน ไม่น่าจะเป็นคำกรีก แต่อาจจะเป็นชื่อสถานที่ที่เรียกโดยชาวพื้นเมือง (autochthon) ที่อาศัยอยู่มาก่อนพวกกรีก ตามตำนานกล่าวว่าชื่อเมืองไมซีนีมีความเกี่ยวข้องกับ คำว่า "เห็ด" (กรีกโบราณ: μύκης: mycēs) ในภาษากรีก นักภูมิศาสตร์โบราณ เพาเซเนียส (กรีกโบราณ: Παυσανίας) ให้เครดิตการตั้งชื่อแก่ เพอร์ซิอัส ผู้ที่ตำนานเทพปกรณัมกรีกกล่าวว่าเป็นผู้ก่อตั้งเมืองนี้ขึ้น ณ สถานที่ที่ตนได้สังหาร อะคริซิอัส (หรืออะไครเซียส) กษัตริย์แห่งอาร์กอส ผู้เป็นพระเจ้าตาของตน แต่ได้สละสิทธิปกครองเมืองให้กับ เมกาเปนทีส (กรีกโบราณ: Μεγαπένθης) ผู้เป็นหลานอีกคนหนึ่งของอะคริซิอัส และตั้งชื่อให้กับเมืองว่า "มูแคไน" ตามด้ามดาบของตนที่มีรูปร่างคล้ายเห็ด

ในโฮเมอร์ เมืองไมซีนีเป็นอาณาจักรของอะกาเมมนอน วีรบุรุษชาวกรีกผู้นำเหล่านักรบอะคีอันไปสู้ในสงครามกรุงทรอย เทพีเฮรามเหสีของซุสโปรดปรานเมืองนี้เป็นพิเศษ