ปัจจุบัน เบย์ยังครองชีวิตเป็นโสด เขามีบ้านพักอยู่ที่ ลอสแอนเจลิส และ ไมอามี โดยเขาเลี้ยงสุนัขพันธุ์ บลูมาสทิฟฟ์ ไว้เป็นเพื่อนจำนวน 2 ตัว ชื่อ "โบนครัชเชอร์" และ "เกรซ" ซึ่งเป็นชื่อจากตัวละครจากภาพยนตร์เรื่อง "Transformers" และ "Armageddon" ที่เบย์เป็นผู้กำกับ ก่อนหน้านี้เบย์ยังมีบลูมาสทิฟฟ์อีกตัวชื่อว่า "เมสัน" เขาเคยนำไปแสดงในภาพยนตร์เรื่อง "Tranformers" ภาคแรก แต่เมสันก็ได้เสียชีวิตระหว่างภาพยนตร์กำลังถ่ายทำในปี 2007 ไมเคิล เบย์ มีนิสัยรักสุนัขและแมวมาก เขาเคยบริจาคเงินส่วนตัวให้กับกลุ่ม แอนิมอล เชลท์เตอร์ ซึ่งเป็นกลุ่มกองทุนที่ดูแลสุนัขและแมวจรจัดในสหรัฐอเมริกา

เดือนมีนาคม ปี 2016 นิตยสารโรลลิ่ง สโตน ได้รายงานว่าไมเคิล เบย์ มียานพาหนะรวมกันเป็นมูลค่ากว่า 50 ล้านดอลลาร์สหรัฐ อาทิ เครื่องบินเจ็ท Gulfstream G550 รวมถึงรถหรูอย่าง เบนท์ลีย์, เรนจ์ โรเวอร์, เอสคาเลด, เฟอร์รารี, ลัมโบกินี และเชฟโรเรต คาร์มาโร 2 คันที่ใช้ในการถ่ายทำภาพยนตร์ทรานส์ฟอร์เมอร์สด้วย