ไรโซเบียมแบ่งได้เป็น 3 กลุ่มคือ [2]

• Rhizobium เป็นกลุ่มที่เจริญเร็ว เกิดปมกับถั่วอัลฟัลฟา ถั่วลันเตา และพืชตระกูลถั่วอื่น
• Bradyrhizobium เป็นกลุ่มที่เจริญช้า เกิดปมกับถั่วเหลือง ถั่วพร้า และถั่วในเขตร้อนอื่น เป็นประชากรกลุ่มใหญ่ของไรโซเบียมในประเทศไทย ประมาณ 99% [3]
• Azorhizobiumเป็นกลุ่มที่เกิดปมกับลำต้นพืชตระกูลถั่ว และตรึงไนโตรเจนเมื่ออยู่เป็นอิสระได้

การจัดจำแนกไรโซเบียมในปัจจุบันมี 5 วิธี ได้แก่ [1]

• การจัดจำแนกโดย Fred (1932) และ Breed (1975) จัดให้อยู่ในดิวิชัน Protophyta คลาส Schizomycetes อันดับ Eubacteriales วงศ์ Rhizobiaceae สกุล Rhizobium
• การจัดจำแนกตามพืชตระกูลถั่วที่ทำให้เกิดปม ใช้หลักความสามารถที่ทำให้พืชตระกูลถั่วเกิดปมได้เป็นเกณฑ์ วิธีนีเจแนกไรโซเบียมได้หลายชนิด และแบ่งถั่วเป็นกลุ่มได้ 20 กลุ่ม แต่มีความสัมพันธ์ชัดเจนเพียง 6 กลุ่ม นอกจากนั้นยังมีความไม่แน่นอนที่ไรโซเบียมบางสายพันธุ์ทำให้ถั่วต่างกลุ่มเกิดปมได้ อย่างไรก็ตาม ชื่อสปีชีส์ของไรโซเบียมในปัจจุบันกำหนดโดยวิธีนี้
• การจัดจำแนกตามความสามารถในการผลิตกรดหรือด่าง ซึ่งแบ่งได้เป็น 2 ชนิดคือ ชนิดที่ผลิตกรด กับชนิดที่ผลิตด่างในอาหาร นิยมใช้เป็นวิธีที่ทดสอบข้อมูลเบื้องต้นของไรโซเบียม
• การจัดจำแนกโดยใช้ข้อมูลจากดีเอ็นเอ
• การจัดจำแนกโดยนำลักษณะหรือสมบัติต่างๆ มาเปรียบเทียบแล้วหาร้อยละความคล้ายคลึง