อนุภาค HDL แบ่งออกเป็นกลุ่มย่อย ๆ 5 กลุ่มตามความหนาแน่นและขนาด (ซึ่งสัมพันธ์กันอย่างผกผัน) ซึ่งก็มีสหสัมพันธ์กับการเกิดปัญหาหัวใจด้วยไม่เหมือนกับไลโพโปรตีนที่ใหญ่กว่าอื่น ๆ ซึ่งส่งโมเลกุลไขมันไปให้เซลล์ อนุภาค HDL จะนำโมเลกุลไขมันออกจากเซลล์ที่ต้องขับโมเลกุลไขมันออกลิพิดที่ขนส่งรวมทั้งคอเลสเตอรอล ฟอสโฟลิพิด และไตรกลีเซอไรด์ โดยขนส่งแต่ละอย่างเป็นจำนวนต่าง ๆ กัน

การเพิ่มความเข้มข้นของอนุภาค HDL สัมพันธ์กับการลดสะสมคราบไขมัน (คราบไขมันบวกเซลล์เม็ดเลือดขาว คือ atherosclerosis) ที่ผนังภายในหลอดเลือดแดงซึ่งสำคัญเพราะคราบไขมันที่สะสมในที่สุดก็จะหลุดออก แล้วก่อโรคหัวใจร่วมหลอดเลือด โรคหลอดเลือดสมอง และโรคหลอดเลือด (vascular disease) อื่น ๆอนุภาค HDL บางครั้งเรียกว่า คอเลสเตอรอลแบบดี เพราะมันขนส่งโมเลกุลไขมันออกจากผนังหลอดเลือด ลดการสะสมแมคโครฟาจ (macrophage) และดังนั้นช่วยป้องกันหรือแม้แต่ทุเลาโรคหลอดเลือดแดงแข็งอย่างไรก็ดี งานศึกษาหลายงานได้แสดงว่า แม้หนูที่ไร้ HDL ก็ยังสามารถขนส่งคอเลสเตอรอลไปยังน้ำดี ซึ่งแสดงว่าต้องมีกลไกอื่นเพื่อกำจัดคอเลสเตอรอล[2]