ในอนาคตอันไกลโพ้น ได้เกิดสงครามระหว่างชาวอาณานิคมบนดวงจันทร์ซึ่งเรียกตัวเองว่าเซเลเน กับกองทัพโลก โซดอม (ในเวอร์ชันภาษาอังกฤษนั้นกองทัพโลกใช้ชื่อว่าเกเซท) ผู้เล่นรับบทบาทเป็นตัวเอก นักบินนิรนามของยานรบรุ่นใหม่ของเซเลเน ที่ถูกกองทัพโลกเรียกด้วยชื่อรหัสตามลักษณะที่มีแขนกลข้างเดียวว่าไอน์แฮนเดอร์

ในฉากแรกนั้นตัวเอกได้เข้าโจมตีเมืองหลวงของโซดอม และหลังจากที่ทำลายบอสของแต่ละฉากได้ก็จะได้รับการติดต่อจากยานไฮเปอเรียนถึงภารกิจของฉากต่อไป แต่หลังจากภารกิจทำลายดาวเทียมสงคราม ชวาซไกสท์แล้ว ตัวเอกก็ถูกกองยานอีออสของเซเลเนโจมตีทำให้เขาเริ่มสงสัยถึงความหมายที่แท้จริงของสงครามครั้งนี้ ฉากสุดท้ายของเกมนั้นเป็นเวลาหนึ่งเดือนถัดมา ซึ่งยานไอน์แฮนเดอร์เข้าโจมตีกองยานอีออสและไฮเปอเรียนในอวกาศ

ในตอนจบของเกมนั้น บทบรรยายระบุว่าทั้งโซดอมและเซเลเนต่างก็ได้รับความเสียหายอย่างหนักจนไม่อาจต่อสู้กันต่อไปได้จึงต้องทำสนธิสัญญาสงบศึกกัน แต่เรื่องของไอน์แฮนเดอร์ก็ถูกลบจากข้อมูลของทั้งสองฝ่าย