ในห้องปฏิบัติการ ไฮโกรมัยซิน บีจะถูกใช้ในการคัดเลือกและคงสภาพเซลล์โปรคาริโอตและยูคาริโอตที่มีส่วนประกอบของยีนดื้อยาในพลาสมิด ซึ่งยีนดื้อยานี้จะผลิตเอนไซม์ไคเนสออกมาทำปฏิกิริยาฟอสโฟรีเลชันกับไฮโกรมัยซิน บี จนหมดฤทธิ์[4] นับตั้งแต่มีการค้นพบยีนที่ดื้อต่อยาไฮโกรมัยซิน บี เป็นต้นมา ทำให้ไฮโกรมัยซิน บี กลายเป็นยาปฏิชีวนะมาตรฐานที่ใช้ในการคัดเลือกยาปฏิชีวนะอื่นผ่านการทดลองด้วยการถ่ายทอดยีนไปดังกล่าวเข้าสู่เซลล์โปรคาริโอตและยูคาริโอต เพื่อดูผลความไวของเซลล์ที่มียีนดื้อยาต่อยาปฏิชีวนะชนิดนั้นๆ[5]

การวิจัยพันธุ์พืช

ยีนที่ดื้อต่อไฮโกรมัยซินมักอยู่นำมาใช้เป็นยีนบ่งชี้ (selectable marker) ในการทำการศึกษาวิจัยเกี่ยวกับพืช การศึกษาในข้าวที่มีเชื้อแบคทีเรียสกุลอโกรแบคทีเรียมที่ได้รับการตกแต่งสารพันธุกรรมเพาะเลี้ยงอยู่ เมื่อมีการใส่ไฮโกรมัยซินลงไปในระบบที่ความเข้มข้นประมาณ 30–75 mg L−1, ค่าเฉลี่ย 50 mg L−1. ซึ่งการใช้ไฮโกรมัยซินที่ความเข้มข้น 50 mg L−1 นี้จะมีความเป็นพิษสูงต่อแคลลัสที่ไม่ได้รับการตกแต่งสารพันธุกรรม ซึ่งจะทำให้สามารถแยกแคลลัสที่ได้รับการตกแต่งสารพันธุกรรมออกมาได้[6]