แม้จะเชื่อกันว่า Aquilolamna อยู่ในกลุ่มเดียวกับฉลามและกระเบน และสิ่งมีชีวิตตัวอย่างแรกเป็นฟอสซิลที่ถูกคงสภาพไว้อย่างดีก็ตาม การจัดจำแนกทางอนุกรมวิธานก็ยังเป็นปัญหา เนื่องจากไม่พบฟันในตัวอย่าง ซึ่งเชื่อว่าหลุดออกไปเมื่อสิ่งมีชีวิตตายลงหรืออาจฝังลึกอยู่ในเนื้อกระดูก (matrix) โดยฟันเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการพิจารณาความสัมพันธ์ทางอนุกรมวิธานของซากดึกดำบรรพ์ฉลาม สิ่งที่อาจเป็นรอยพับบนผิวหนังของตัวอย่างอาจเป็นเพียงซากดึกดำบรรพ์ของพรมแบคทีเรีย (bacterial mat) แต่เดิมมันถูกจัดให้อยู่ในอันดับปลาฉลามขาวไว้ชั่วคราวจากการอธิบายรูปพรรณในครั้งแรกที่อาศัยความคล้ายคลึงทางสัณฐานวิทยาที่มีต่อสมาชิกอื่นในอันดับ อย่างไรก็ตาม จากการที่ฉลามชนิดนี้มีลักษณะที่ผิดประหลาดอย่างยิ่ง นักบรรพชีวินวิทยาบางคนจึงยังคงลังเลที่จะจัดจำแนกมันไว้ในอันดับดังกล่าว และต้องมีการศึกษาต่อไปในอนาคต[3] นอกจากนี้ยังมีข้อสงสัยว่า Aquilolamna มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับ Cretomanta ซึ่งเป็นปลากระดูกอ่อนที่สูญพันธุ์แล้วในกลุ่มนีโอเซลาเคียน ที่ยังหาความสัมพันธ์ทางอนุกรมวิธานที่แน่ชัดไม่ได้ โดยได้ทำการอธิบายรูปพรรณจากซากของฟันที่ขุดค้นได้ในเท็กซัสเมื่อ ค.ศ. 1990 (ต่อมามีการค้นพบชิ้นส่วนเพิ่มเติมที่แคนาดาและโคโลราโด) Cretomanta มีชีวิตอยู่ในช่วงเดียวกันกับ Aquilolamna หากว่าพวกมันมีลักษณะที่คล้ายคลึงกัน ก็เป็นไปได้ว่าทั้งสองสกุลนี้จะอยู่ในวงศ์เดียวกัน[4][5]