Sissel ได้ตื่นขึ้นมาและพบว่าตัวเองเป็นวิญญาณซึ่งถูกฆ่าตายและยังสูญเสียความทรงจำไปอีก เขาได้พบกับนักสืบหญิงชื่อ Lynne ซึ่งทันใดนั้นก็ถูกฆ่าตาย อย่างไรก็ตาม จากการพูดคุยกับวิญญาณที่ชื่อ Ray ทำให้ Sissel รู้ความสามารถ Ghost Tricks ของตนซึ่งสามารถเข้าไปสิงและควบคุมวัตถุ กับความสามารถในการสิงร่างที่ตายเพื่อย้อนเวลากลับไป 4 นาทีก่อนการตายของร่างนั้น ด้วยความสามารถเหล่านี้จึงทำให้ Sissel สามารถช่วย Lynne ได้สำเร็จ และทราบว่า Lynne เข้ามาสืบเรื่องอะไรบางอย่าง เนื่องจาก Ray บอก Sissel ว่าวิญญาณเขาจะหายไปเมื่อถึงเวลาเช้าของวันรุ่งขึ้นจึงทำให้ Sissel ตัดสินใจเข้าร่วมกับ Lynne เพื่อค้นหาความจริงของตัวเขา ในการสืบสวน ณ ที่ต่าง ๆ Lynne ก็ได้ตายอีกหลายครั้ง แต่ Sissel กับสุนัขชื่อ Missile ก็ช่วยชีวิตได้เสมอมา จนกระทั่ง Sissel พบว่าคนที่ฆ่าตัวเขาก็คือ Lynne นั่นเอง แต่ Sissel ก็ยังคงช่วย Lynne ต่อไปแม้จะรู้เรื่องนี้ ในขณะเดียวกัน Lynne ก็ได้ขอร้องให้ Sissel ช่วยนักสืบรุ่นพี่ชื่อ Jowd จากการประหารชีวิตในข้อหาที่ Jowd ฆ่าภรรยาตัวเอง

หลังจากที่ Sissel ได้ช่วยหน่วงเวลาการประหารชีวิตออกไปแล้ว เขาก็ได้รู้ว่าลูกสาวของ Jowd ที่ชื่อ Kamila ถูกลักพาตัวไปโดยองค์กรลึกลับซึ่งพยายามที่จะให้ Jowd ถูกประหารชีวิต นอกจากนี้ Sissel ยังรู้อีกว่ามีผี "ผู้ควบคุม" ซึ่งเป็นสาเหตุที่แท้จริงที่ทำให้ภรรยาของ Jowd เสียชีวิต เมื่อได้สืบต่อไปเรื่อย ๆ Sissel ก็ได้พบกับ Missile ในสภาพที่เป็นวิญญาณไปแล้ว โดย Missile เป็นผีที่มีความสามารถในการสลับสิ่งของที่รูปร่างเหมือนกันได้และตัดสินใจที่จะช่วย Kamilla ด้วย หลังจากเดินทางไปซักพักหนึ่ง พวกเขาก็ได้พบกับผี "ผู้ควบคุม" ที่สามารถควบคุมสิ่งมีชีวิตได้กำลังควบคุมร่างที่ Sissel เข้าใจว่าเป็นตัวเขาเอง และก็ได้ทราบความจริงว่าเมื่อ 10 ปีก่อน ชายซึ่งเป็นเจ้าของร่างนี้ได้จับ Lynne ซึ่งขณะนั้นยังเป็นเด็กไว้เป็นตัวประกันเพื่อหนีการจับกุมจาก Jowd อย่างไรก็ตามได้มีอุกกาบาตตกลงมาที่ตัวของชายคนนี้พอดีเป็นเหตุให้เขาเสียชีวิต และอุกกาบาตนี้เองที่ทำให้เขากลายเป็นผีที่มีพลัง Ghost Tricks ในการควบคุมสิ่งมีชีวิต

ทั้ง Sissel Missile Jowd และ Lynne ได้ไปที่เรือดำน้ำขององค์กรลึกลับที่จับ Kamilla อยู่และพบ "ผู้ควบคุม" ควบคุม Kamilla ให้ทำร้าย Lynne ในขณะเดียวกัน หัวหน้าองค์กรลึกลับชื่อ Sith ก็ได้ทรยศ "ผู้ควบคุม" โดยขโมยชิ้นส่วนอุกกาบาตจากร่าง "ผู้ควบคุม" และพยายามที่จะฆ่าทุกคนโดยการจมเรือดำน้ำ หลังจากที่ Sissel ได้ช่วย Lynne และ Kamilla ให้ปลอดภัยจากการสู้กันเองแล้ว เขาก็ได้พบกับ "ผู้ควบคุม" ซึ่งเปิดเผยว่าตัวเองชื่อ Yomiel และเล่าเบื้องหลังให้ฟังว่าเมื่อ 10 ปีก่อนเขาเคยถูก Jowd สอบสวนว่าตัวเขาเองเป็นสายลับ จึงได้หนีและจับ Lynne ไว้เป็นตัวประกัน อย่างไรก็ตามเขาก็ได้ตายจากอุกกาบาต ซึ่งทำให้คู่หมั้นของเขาฆ่าตัวตายตาม Yomiel แค้นมากจึงเข้าร่วมองค์กรลึกลับ โดยมอบชิ้นส่วนอุกกาบาตให้เป็นการตอบแทน แลกกับการช่วยแก้แค้น Lynne และ Jowd ที่ทำให้ตัวเขาและคู่หมั้นเขาตาย โดยเริ่มต้นเขาได้ฆ่าภรรยาของ Jowd และป้ายความผิดให้ Kamilla ซึ่งเป็นเหตุให้ Jowd ต้องออกมารับผิดแทน และวางแผนให้ Lynne ยิงร่างของเขาเอง หลังจากที่ทราบความจริงนี้แล้ว เรือก็กำลังจะระเบิดไปด้วย Sissel กับ Missile จึงอาศัยจรวดตอร์ปิโดออกมาจากเรือดำน้ำ และพบร่างของ Jowd ที่ตายอยู่กับร่าง Yomiel สุดท้าย Sissel จึงตัดสินใจย้อนเวลาไป 10 ปีในเวลาก่อนที่ Yomiel จะตายจากอุกกาบาต และที่นั่นทั้ง Sissel Missile และผี Yomiel ก็ได้รวมพลังกันช่วยชีวิต Yomiel ซึ่งทำให้เหตุการณ์จบลงได้ด้วยดี

เรื่องได้เปิดเผยว่าอันที่จริงแล้ว Sissel เป็นแมวที่ Yomiel ใช้สิงหลังจากตาย และได้กลายมาเป็นเพื่อนกัน แต่เมื่อ Yomiel ควบคุม Lynne ให้ยิงตัวเขาเองในตอนนั้น ได้เกิดการต่อต้านจาก Lynne ทำให้กระสุนพลาดเป้าไปโดน Sissel แทน เมื่อ Sissel ตื่นขึ้นมาความจำเสื่อมและเห็นร่าง Yomiel นอนอยู่แต่ไม่เห็นร่างของตัวเองซึ่งอยู่ในตะกร้าจึงทำให้ Sissel เข้าใจว่าร่าง Yomiel เป็นร่างของเขา ในขณะเดียวกัน Ray ก็ได้เปิดเผยตนเองว่าเป็น Missile ในอนาคตซึ่งไม่สามารถช่วยชีวิตใครไว้ได้ แต่ก็ได้หาทางย้อนเวลากลับมารอ Sissel ตายและหลอกว่าจะวิญญาณ Sissel จะหายไปเมื่อวันรุ่งขึ้นเพื่อให้ตัว Sissel พยายามหาความจริงจนแก้ไขเหตุการณ์ให้จบลงด้วยดีได้

ในเหตุการณ์ใหม่ซึ่ง Sissel ได้แก้ไขไปแล้วนั้น ตัว Sissel ได้เป็นแมวธรรมดาในครอบครัวของ Jowd แต่ก็ยังมีความสามารถ Ghost Tricks อยู่ ส่วน Yomiel เองหลังจากที่ติดคุกจากการจับตัวประกันแล้วก็ได้กลับมาใช้ชีวิตคับคู่หมั้นของเขาอย่างมีความสุข