มีการคาดกันว่า N. fusca มีญาติใกล้ชิดคือ N. fallax, N. hurrelliana, N. platychila, N. stenophylla, และ N. vogelii[4] ส่วน N. mollis ที่ยังเป็นปริศนานั้น ซึ่งผู้แต่งบางคนจัดให้เป็นชนิดเดียวกันกับ N. hurrelliana[25] ก็อาจจะเป็นญาติใกล้ชิดด้วยเหมือนกัน

หม้อล่างของ N. hurrelliana อาจจะแตกต่างแต่หม้อบนของมันกับคล้ายกับ N. fusca หม้อข้าวหม้อแกงลิงของบอร์เนียวมีเพียงสองชนิดเท่านั้นที่มีฝาหม้อเป็นรูปสามเหลี่ยมแคบ หม้อบนของ N. hurrelliana แตกต่างตรงมีปากที่ราบและยกขึ้นสูงที่ด้านหลังและมีขนหยาบแข็งใต้ฝา[4]

N. hurrelliana คล้ายกับรูปแบบของ N. fusca จากทางใต้ของเทือกเขาคร็อกเกอร์ในรัฐซาบะฮ์เป็นพิเศษ โดยมันมีเพอริสโตมกว้าง, ส่วนคอดยาวกว่า, และฝาเป็นรูปสามเหลี่ยมมากกว่าตัวอย่างอื่นๆในชนิด[4] อย่างไรก็ตาม, เพอริสโตมก็ไม่กว้างเท่าใน N. hurrelliana และมันก็ไม่มีสิ่งปกคลุมเหมือนกับ N. hurrelliana ยิ่งกว่านั้น N. hurrelliana ยังแตกต่างในการกระจายตัวของต่อมน้ำต้อยบนผิวล่างของฝา[4]

N. vogelii ที่ถูกเก็บได้ครั้งแรกในปี ค.ศ. 1961 ถูกติดป้ายเป็น N. fusca[4] ในปี ค.ศ. 1969 นักพฤกษศาสตร์ที่ชื่อไซเกะโอะ คุระตะได้ตรวจสอบตัวอย่างนี้และหมายเหตุว่ามันไม่จัดเป็นความผันผวนของ N. fusca[4] แต่กระนั้นตัวอย่างนี้ยังคงไม่ถูกระบุบจนกระทั่งปี ค.ศ. 2002[26] N. vogelii แตกต่างตรงมีหม้อที่เล็กกว่ามากและไม่มีรยางค์ใต้ฝา[26] แถมฝาของ N. vogelii เป็นรูปสามเหลี่ยมกว้างซึ่งตรงข้ามกับฝาสามเหลี่ยมแคบของ N. fusca[4][17] สีของหม้อเป็นสีครีมสว่างมีจุดสีเข้มที่เป็นลักษณะเฉพาะตัว[17]

N. faizaliana ก็คล้ายกับ N. fusca มาก ในการพรรณารูปแบบของมัน เจ.เอช. อดัมและซี.ซี. วิลคักแบ่งแยกบนพื้นฐานของโครงสร้างช่อดอก, ขนาดของพื้นที่ต่อมในพื้นผิวภายในของหม้อบน และการเจริญและลักษณะของสิ่งปกคลุม[14][7] แถม N. fusca มีฝาที่แคบมากซึ่งตรงข้ามกับฝารูปกลมของ N. faizaliana[7]

N. platychila สามารถแบ่งแยกจาก N. fusca บนพื้นฐานของเพอริสโตมที่กว้างกว่าและฝาหม้อ โดย N. fusca ไม่มีรยางค์ที่ผิวด้านใต้[4] N. fusca ถูกคิดว่าเป็นญาติใกล้ชิดกับ N. eymae จากซูลาเวซี, และ N. maxima ที่แพร่ไปทั่วในซูลาเวซี, นิวกินี, และหมู่เกาะโมลุกกะ[27]