ในขณะที่กำลังนำทางเหล่านักวิทยาศาสตร์ในบริเวณ The Zone สคาร์ ได้หมดสติลงหลังจากเกิดปรากฏการณ์ Emission สคาร์เป็นคนเดียวที่รอดจากเหตุการณ์ครั้งนี้ และได้ถูกช่วยเหลือโดยเหล่า Clear Sky กลุ่มปริศนาในเขตแดนอิสระ ที่อุทิศตนในการวิจัยและเรียนรู้ในความพยายามที่จะเข้าใจปรากฏการณ์ที่เกี่ยวข้องเกี่ยวกับ The Zone พวกเขาไม่รู้ว่า สคาร์ เอาตัวรอดจากปรากฏการณ์ Emission ได้อย่างไร แต่ก็ได้พบว่าระบบประสาทกลางของสคาร์นั้นได้รับความเสียหาย และมีอาการข้างเคียงคือการเปลี่ยนแปลงทางสรีรวิทยาที่ละเอียดอ่อนของตัวสคาร์เอง

ขณะพยายามทำความเข้าใจการเปลี่ยนแปลง S.T.A.L.K.E.R. ก็ถูกจู่โจมจากพวกกลายพันธุ์ เลเบเดฟ หัวหน้ากลุ่มเคลียร์สกาย จึงได้ขอให้ สคาร์ ช่วยเหลือสตอล์กเกอร์ที่อยู่ที่นั่น ระหว่างภารกิจช่วยเหลือ Emissions ก็ได้เกิดขึ้นอีกครั้งโดยไม่มีสัญญาณเตือนใด ๆ ทำให้ สคาร์ และเหล่าสตอล์กเกอร์หลบเข้ากำบังไม่ทัน แต่ สคาร์ ก็สามารถรอดมาได้อีกและฟื้นตัวได้ในเวลาที่ไม่นาน เลเบเดฟ ทึ่งกับการที่ สคาร์ เอาตัวรอดมาได้ บีนโปเรฟ หัวหน้านักวิจัยของกลุ่ม เคลียร์สกาย เชื่อว่า สคาร์ มีความสามารถพิเศษบางอย่างที่ทำให้เขาไม่ได้รับผลจากปรากฏการณ์ของบริเวณ เดอะโซน ที่คนปกติถ้าเจอคงตายไปแล้ว