สาเหตุหลักของการเกิดกบฏโพกผ้าเหลืองเนื่องจากวิกฤติการณ์เกษตรกร ซึ่งภาวะข้าวยากหมากแพงทำให้ชาวนาและอดีตทหาร ต้องอพยพจากทางเหนือเพื่อมาหางานทำทางใต้ ที่ซึ่งผู้มีฐานะเอาเปรียบค่าแรงกรรมกรและเกิดการครอบครองสะสมที่ดิน สถานการณ์น้ำท่วมจากแม่น้ำฮวงโหในพื้นที่ลุ่มต่ำ และซ้ำเติมด้วยการเก็บภาษีในอัตราสูงเพื่อการสร้างป้อมปราการและกำแพงป้องกันข้าศึกตามแนวเส้นทางสายไหม จากสถานการณ์เหล่านี้ทำให้ชาวนาและอดีตทหารทั้งมีและไร้แหล่งทำมาหากิน รวมตัวกันเป็นกลุ่มติดอาวุธ (ประมาณ ค.ศ. 170) ด้วยจุดมุ่งหมายเพื่อต่อต้านการเอาเปรียบของผู้ที่มีฐานะ

ในขณะนั้น ราชวงศ์ฮั่นเริ่มเสื่อมอำนาจลงจากภายใน แม้อิทธิพลของการครอบครองที่ดินยังคงเป็นปัญหาอยู่อย่างยาวนาน (ตั้งแต่สมัยจักรพรรดิซินเกาจู่) แต่สิ่งที่นำไปสู่การก่อกบฏโพกผ้าเหลืองคือ ขันทีในพระราชวังที่มักฉ้อราษฎร์บังหลวงเพื่อให้ตนเองร่ำรวยขึ้น โดยเฉพาะขันทีที่ใกล้ชิดกับองค์จักรพรรดิในขณะนั้นคือพระเจ้าเลนเต้ กลุ่มของขันทีที่มีอิทธิพลมากที่สุดได้รวมตัวกันเป็นกลุ่ม 10 คนในชื่อ สิบขันที ซึ่งองค์จักรพรรดิทรงนับถือหนึ่งในนั้น (เตียวเหยียง) ว่าเป็น "พระชนกบุญธรรม" ด้วยเหตุดังนั้น การปกครองโดยจักรพรรดิจึงถูกมองว่าเป็นการปกครองที่เสื่อมทรามและไร้ความสามารถ การเกิดภาวะข้าวยากหมากแพงและสถานการณ์น้ำท่วม กลายเป็นตัวชี้วัดว่า จักรพรรดิได้หมดสิ้นความเป็นสมมติเทพจากสวรรค์แล้ว

นอกจากนั้นแล้วยังมีถูกซ้ำเติมด้วยภัยธรรมชาติติดต่อกันหลายปี อาณาประชาราษฎ์เดือนร้อนไปทั่วทุกหย่อมหญ้า เป็นเหตุให้ต้องบีบคั้นต้องลุกขึ้นต่อสู้ต่อราชสำนัก