เดือนเมษายน พ.ศ. 2559 ได้เกิดเหตุลอบวางระเบิดขณะเจ้าหน้าที่กรมทหารพรานที่ 47 ดำเนินการสร้างบ้านแก่ประชาชนยากจน ส่งผลให้ทหารพรานเสียชีวิตไป 2 นาย[21][22]

ส่วนในวันที่ 14 กันยายน พ.ศ. 2560 สิบตรี ธเนตร พุทโท หัวหน้าชุดเฉพาะกิจกรมทหารพรานที่ 47 ได้นำกำลังชุดปฏิบัติการเข้าตรวจสอบเหตุระเบิดที่บ้านลาตอ ซึ่งเป็นเขตติดต่ออำเภอยะหา ปรากฏว่า เมื่อถึงบ้านปาแดรู ตำบลกาตอง ได้เกิดการระเบิดจากระเบิดแสวงเครื่องอัดถังแก๊สน้ำหนักเกือบ 30 กิโลกรัม ส่งผลให้สิบตรี ธเนตร พุทโท บาดเจ็บสาหัสพร้อมกำลังพลทั้งหมด ก่อนส่งไปยังโรงพยาบาลศูนย์ยะลา ซึ่งสิบตรี ธเนตร พุทโท เสียชีวิตในเวลาต่อมา[23]

และในเดือนมกราคม พ.ศ. 2561 กรมทหารพรานที่ 47 ได้สูญเสียอาสาสมัครทหารพราน ไพศาล ลาแล เจ้าหน้าที่ชุด "ญาลันนันบารู" (ทางสายใหม่) จากการถูกยิงหน้าบ้านเช่า ซึ่งเขาเป็นกำลังสำคัญ ในการมีส่วนช่วยให้เยาวชนนับหมื่นคนเลิกยาเสพติด[24]

เดือนพฤษภาคม ปีเดียวกัน ได้เกืดเหตุคนร้ายใช้เครื่องยิงลูกระเบิดเอ็ม 79 ยิงใส่ฐานชุดคุ้มครองตำบลบาโงยซิแน ส่งผลให้เจ้าหน้าที่ทหารพรานได้รับบาดเจ็บ 2 นาย จากการสอบสวนพบว่า มีผู้ใช้อากาศยานไร้คนขับ บินเข้ามาในบริเวณฐานเมื่อช่วง 2–3 วันก่อน จึงเชื่อว่าเป็นการใช้โดรนเพื่อสอดแนม เจ้าหน้าที่กรมทหารพรานที่ 47 พร้อมด้วยตำรวจและฝ่ายปกครอง จึงทำการยึดโดรนตามที่สายข่าวแจ้ง แล้วส่งไปยังศูนย์พิสูจน์หลักฐาน เพื่อตรวจหาภาพจากกล้อง[7] รวมถึงแม่ทัพภาคที่ 4 ได้สั่งห้ามใช้โดรนใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้โดยไม่ขออนุญาต เพื่อป้องกันฝ่ายข้าศึกบินสอดแนม[8]