เดือนมีนาคม พ.ศ. 2559 เจ้าหน้าที่ทหารพรานจากกรมทหารพรานที่ 49 ร่วมกับกรมทหารพรานที่ 45 และกรมทหารพรานที่ 46 ดำเนินยุทธการปิดล้อมเทือกเขาตะเว ซึ่งเป็นรอยต่อ 3 อำเภอ ได้แก่ อำเภอเจาะไอร้อง, อำเภอระแงะ และอำเภอจะแนะ เพื่อไล่ล่ากองกำลังติดอาวุธที่บุกยึดโรงพยาบาลเจาะไอร้อง ก่อนใช้เป็นที่มั่นในการโจมตีฐานทหารพรานที่ 4816 แล้วหลบหนีขึ้นเขา[19]

ส่วนในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2560 ได้เกิดเหตุผู้ก่อความไม่สงบยิงเจ้าหน้าที่ทหารพรานเสียชีวิต 1 นาย และได้รับบาดเจ็บ 3 นาย หน่วยเฉพาะกิจทหารพรานที่ 49 จึงทำการสนธิกำลังร่วมกับหน่วยปฏิบัติการพิเศษ, เจ้าหน้าที่ตำรวจ และชุดนิติวิทยาศาสตร์ เข้าปิดล้อมตรวจค้นเป้าหมายต้องสงสัย กระทั่งสามารถยึดอาวุธสงคราม และอุปกรณ์ประกอบระเบิดได้ที่อำเภอศรีสาคร จังหวัดนราธิวาส[4][5][11]