กรมทหารพรานที่ 49 ได้รับการสถาปนาเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2554[9][10] ส่วนในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2560 ได้มีพิธีรับ–ส่ง หน้าที่เพื่อดำรงตำแหน่งผู้บังคับการกรมทหารพรานที่ 49 โดยพันเอก วิชาญ สาริกะพันธ์ ซึ่งเป็นผู้บังคับการคนเก่า เข้าดำรงตำแหน่งรองเสนาธิการมณฑลทหารบกที่ 43 และพันเอก จรูญ จตุรงค์ เข้าดำรงตำแหน่งผู้บังคับการกรมทหารพรานที่ 49[13]

เดือนธันวาคม ปีเดียวกันนี้ ชุดเฉพาะกิจกรมทหารพรานที่ 49 ถูกซุ่มยิงระหว่างปฏิบัติหน้าที่ในอำเภอศรีสาคร จังหวัดนราธิวาส ส่งผลให้มีอาสาสมัครทหารพรานเสียชีวิต 1 นาย ซึ่งกำลังจะแต่งงานในอีกไม่กี่วันข้างหน้า[16] รวมถึงมีทหารได้รับบาดเจ็บจากเหตุการณ์เดียวกันนี้อีก 2 คน โดยในวันต่อมา สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณ บดินทรเทพยวรางกูร และพระบรมวงศานุวงศ์ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้ผู้ว่าราชการจังหวัดนราธิวาส เชิญพวงมาลาพระราชทาน และพวงมาลาประทาน มาวางไว้ที่หน้าหีบศพอาสาสมัครทหารพรานที่เสียชีวิต จากนั้น สมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้ผู้ว่าราชการจังหวัดนราธิวาส เชิญสิ่งของพระราชทานไปมอบแก่ทหารที่ได้รับบาดเจ็บจากเหตุการณ์[17]

เดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2561 ได้เกิดเหตุเพลิงไหม้บ้านของเจ้าหน้าที่ทหารพรานสังกัดหน่วยเฉพาะกิจกรมทหารพรานที่ 49 จังหวัดนราธิวาส ซึ่งทางเจ้าหน้าที่หน่วยเฉพาะกิจกรมทหารพรานที่ 49 ได้เดินทางมาให้กำลังใจครอบครัวผู้ประสบเหตุ และให้การช่วยเหลือซ่อมแซม[14][18]

เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 ได้มีเหตุการณ์ชิงตัวประกันในเทอร์มินอล 21 โคราช ร้อยเอก ศิริวิวัฒน์ แสงประสิทธิ์ ผู้บังคับกองร้อยทหารพรานที่ 4914 กรมทหารพรานที่ 49 ซึ่งชาวบ้านอำเภอจะแนะส่วนใหญ่รู้จักเป็นอย่างดี ในการช่วยเหลือประชาชนโดยไม่เลือกศาสนา ได้พาครอบครัวไปพักผ่อนที่จังหวัดนครราชสีมา และเตรียมเข้าร่วมงานเลี้ยงรุ่นนายสิบทหารบก โดยในวันที่ 8 กุมภาพันธ์ เขาและภรรยาได้ออกไปหาซื้อธูปเทียนเพื่อเวียนเทียนในวันมาฆบูชา ทว่า ระหว่างทางได้มีคนร้ายกราดยิงใส่ เขาจึงใช้ร่างบังกระสุนไม่ให้ถูกภรรยา กระทั่งตนเองเสียชีวิต[12]