การราชทัณฑ์ของไทย ได้มีวิวัฒนาการเปลี่ยนแปลงและสอดคล้อง กับสังคมการเมืองและสภาพเศรษฐกิจ ตลอดยุคสมัยที่ผ่านมา ในยุคก่อนรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว กิจการเรือนจำได้ สังกัดอยู่ตามส่วนราชการต่าง ๆ สอดคล้องกับการปกครองแบบจตุสดมภ์ คือ แบ่งเป็นเรือนจำในกรุงเทพฯ และเรือนจำในหัวเมืองชั้นนอก เรือนจำในกรุงเทพฯ มี 2 ประเภท คือ "คุก" เป็นที่คุมขังผู้ต้องขังที่มีโทษ ตั้งแต่ 6 เดือนขึ้นไป อยู่ในสังกัดกระทรวงนครบาล ส่วน "ตะราง" ใช้เป็นที่คุมขัง ผู้ต้องขังที่มีโทษต่ำกว่า 6 เดือน หรือนักโทษที่มิใช่โจรผู้ร้าย สังกัดกระทรวง ทบวง กรม ที่บังคับกิจการนั้น ๆ ส่วนการเรือนจำในหัวเมืองชั้นนอก มีที่คุมขัง ผู้ต้องโทษ เรียกว่า "ตะราง" การคุมขังอยู่ในความรับผิดชอบของผู้ว่าราชการเมือง หรืออาจส่งต่อให้กระทรวงมหาดไทย กระทรวงกลาโหม รับตัวไปคุมขัง แล้วแต่กรณีโทษ

รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีการปรับปรุงระเบียบราชการใหม่ โดยโปรดให้สร้างคุกใหม่ขึ้น เรียกว่า "กองมหันตโทษ" และให้สร้างตะรางใหม่เรียกว่า "กองลหุโทษ" ซึ่งในสมัยนั้น รวมเรียกว่า "กรมนักโทษ" สังกัดกระทรวงนครบาล และในปี พ.ศ. 2444 (ร.ศ.120) ได้มีพระกรุณาโปรดเกล้า ให้ตราพระราชบัญญัติลักษณะเรือนจำขึ้นเพื่อให้การจัดการเรือนจำเป็นไปอย่างเรียบร้อยยิ่งขึ้น จนถึงวันที่ 13 ตุลาคม พ.ศ. 2458 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้ตราพระราชบัญญัติจัดตั้งกรมราชทัณฑ์[4] โดยมีพระยาชัยวิชิตวิศิษฏ์ธรรมธาดา (ขำ ณ ป้อมเพชร์) เป็นอธิบดีกรมราชทัณฑ์คนแรก

ในปี พ.ศ. 2468 ได้เกิดภาวะตกต่ำทางเศรษฐกิจ งบประมาณ รายได้รายจ่ายไม่ได้ดุลยภาพ พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงยุบกรมราชทัณฑ์และให้ไปสังกัดกระทรวงยุติธรรม และต่อมาได้โอนกรมราชทัณฑ์ไปเป็นแผนกหนึ่ง (แผนกราชทัณฑ์) สังกัดกระทรวงมหาดไทย[5]

ภายหลังการเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. 2475 การราชทัณฑ์ได้ยกฐานะเป็นกรมราชทัณฑ์ และมีการตราพระราชบัญญัติราชทัณฑ์ พ.ศ. 2479 มีหน้าที่เกี่ยวด้วยการเรือนจำ การกักกัน ผู้มีสันดานเป็นโจรผู้ร้ายการฝึกและอบรมเด็กดัดสันดาน และในส่วนภูมิภาคได้มีการกำหนดเป็นเรือนจำจังหวัดและเรือนจำอำเภอ

ในปี พ.ศ. 2545 ได้มีการปฏิรูประบบราชการ จึงได้โอนย้ายกรมราชทัณฑ์กลับมาสังกัดกระทรวงยุติธรรม[6]