พระราชพงศาวดาร ฉบับพันจันทนุมาศ (เจิม) ระบุว่า กรมหลวงอภัยนุชิตเป็นธิดาคนโตของนายจบคชประสิทธิ์ ซึ่งได้รับสถาปนาเป็นกรมพระราชวังบวรสถานพิมุขในรัชสมัยสมเด็จพระเพทราชา[1] บัญชีพระนามเจ้านายในคำให้การชาวกรุงเก่าระบุว่า พระนางมีพระนามเดิมว่าพระองค์ขาว พระมารดามีเชื้อสายพราหมณ์จากบ้านสมอปรือ[2]

เมื่อเจริญวัยได้ถวายตัวเป็นพระชายาในเจ้าฟ้าพร (ขณะดำรงพระยศเป็นพระบัณฑูรน้อยในรัชสมัยพระเจ้าเสือ) และได้มีพระประสูติกาลพระราชโอรสธิดา 7 พระองค์ ส่วนพระโสทรกนิษฐาชื่อพระองค์พลับ ต่อมาได้ถวายตัวเป็นพระชายาเช่นกัน[2]

เมื่อพระราชสวามีเสด็จขึ้นสืบราชบัลลังก์เป็นสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศใน พ.ศ. 2275 ภายหลังจากสงครามกลางเมืองกับเจ้าฟ้าอภัยและเจ้าฟ้าปรเมศร์ พระราชโอรสในสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระสิ้นสุดลง พระองค์ได้สถาปนาพระองค์ขาวพระอัครชายาเดิมขึ้นเป็นพระอัครมเหสีเอกที่กรมหลวงอภัยนุชิต พร้อมกับสถาปนาเจ้าฟ้าธรรมธิเบศไชยเชษฐ์สุริยวงศ์พระราชโอรสพระองค์ใหญ่ขึ้นเป็นที่กรมขุนเสนาพิทักษ์[3]

ต่อมาใน พ.ศ. 2278 เจ้าฟ้ากรมขุนเสนาพิทักษ์เกิดอิจฉาริษยาเจ้าฟ้าพระกรมขุนสุเรนทรพิทักษ์ (เจ้าฟ้านเรนทร) พระราชโอรสพระองค์ใหญ่ในสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระที่สนิทสนมกับพระราชบิดาอย่างมาก จึงได้ลวงพระองค์เข้ามาในพระราชวังหวังจะทำร้าย แต่ไม่สำเร็จ กรมหลวงอภัยนุชิตจึงขอให้กรมขุนสุเรนทรพิทักษ์ช่วยผนวชกรมขุนเสนาพิทักษ์เป็นภิกษุเพื่อหนีราชภัย[4]

ถึงปี พ.ศ. 2280 กรมขุนอภัยนุชิตทรงพระประชวรหนัก จึงได้ขอพระราชทานอภัยโทษแก่เจ้าฟ้ากรมขุนเสนาพิทักษ์ เมื่อสำเร็จก็สิ้นพระชนม์ โปรดให้สร้างพระเมรุขนาดน้อย ขื่อ 5 ว่า 2 ศอก ถึงเดือน 5 จุงแล้วเสร็จ เชิญพระศพขึ้นพระมหาพิชัยราชรถไปยังพระเมรุ พระสงฆ์สดับปกรณ์ 30,000 รูป ถวายพระเพลิงแล้วนำพระอัฐิใส่พระโกศน้อย แห่ไปประดิษฐานไว้ท้ายจระนำพระวิหารใหญ่วัดพระศรีสรรเพชญ์[5]