พระราชกรณียกิจในแผ่นดินสมเด็จพระนารายณ์ กรมหลวงโยธาเทพทรงรับผิดชอบกิจการในพระราชวังแทนพระราชมารดาที่เสด็จสวรรคต ทรงดูแลเรื่องต่าง ๆ นางสนมกำนัลขันที จนชาววังเรียกว่า "เจ้าวัง" เมื่อทรงกรมแล้วได้รับพระเกียรติยศอย่างสูงสุดคือ ได้รับพระราชทานหัวเมืองเอก โท ตรี จัตวา ส่วยสาอากรขนอนตลาดเลกสมในสังกัด มีพระคลังสินค้า เรือกำปั่น และเงินทุน[25] นอกจากนี้ยังได้รับพระราชทานทรัพย์สินส่วนพระองค์อีกจำนวนมาก เรื่องราวของพระองค์ได้ปรากฏในจดหมายเหตุลาลูแบร์ เอกอัครราชทูตฝรั่งเศสในปลายรัชสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ที่ได้ทำการบันทึกไว้ความว่า "...เจ้าฟ้าหญิงองค์ที่ข้าพเจ้าได้กล่าวแล้วว่าดำรงอิสริยยศเยี่ยงพระมเหสีนั้น กำลังทรงมีเรื่องหมางพระทัยอยู่กับพระราชบิดา ด้วยเหตุที่พระองค์ทรงกว้านการค้ากับต่างประเทศไว้เสียหมด"[26] ด้วยเหตุนั้น พระองค์จึงมีเหตุหมางพระทัยกับพระราชบิดาที่เป็นอุปสรรคทางการค้าของพระองค์ นอกจากนี้พระองค์ยังทรงมีเรื่องบาดหมางกับเจ้าพระยาวิชาเยนทร์ เนื่องจากเขาได้เกณฑ์แรงงานสองพันคนจากที่ดินในอาณัติของพระองค์ เพื่อนำไปปฏิบัติการในเมืองเขมรช่วงปี ค.ศ. 1684 จึงเป็นเหตุให้ทรงกริ้วหนัก[27] และพระองค์ก็ทรง "ไม่สบายพระทัยนักที่พวกฝรั่งเศสเข้ามาตั้งถิ่นฐานอยู่ในพระราชอาณาจักรเช่นนี้"[28] ทั้งนี้ทรงตั้งตนเป็นปฏิปักษ์ต่อเจ้าพระยาวิชาเยนทร์ดังปรากฏความว่า "คุณพ่อบาทหลวงตอบพวกเราว่า หากทำตามที่เราเรียกร้องก็หมายหัว ม.ก็องสต็องซ์ไว้ได้เลย ทั่วทั้งอาณาจักรจะลุกขึ้น ตั้งกันเป็นหมู่เป็นพวก นับร้อยนับพัน จะเป็นโอกาสให้ศัตรูของเขา ซึ่งมีอยู่เป็นจำนวนมาก หนึ่งในนั้นคือ ราชินี [พระราชธิดา — กรมหลวงโยธาเทพ] ซึ่งทรงเย่อหยิ่งและผยองในศักดิ์ศรีอย่างยิ่ง"[3]

ด้วยเหตุดังกล่าวในช่วงปี ค.ศ. 1687 มาดามลาโดแฟ็ง พระชายาในเจ้าชายหลุยส์ เลอกร็องโดแฟ็ง พระราชโอรสในพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศส ได้ส่งทูตพิเศษนำของกำนัลมาพระราชทานให้ แต่พระองค์กลับปฏิเสธ โดยทรงอ้างว่าพระองค์ทรงมีฐานะ "ยากจน" เกินกว่าจะประทานของมีค่าที่จะเทียบกันได้เป็นการตอบแทน[29] ซึ่งในจดหมายเวเรต์ถึงมาร์กีส์เดอแซนเญอเลก็ได้กล่าวถึงเหตุการณ์นี้ไว้ว่า "พระราชธิดาในองค์กษัตริย์สยามแสดงอาการโกรธแค้นพวกเรา เนื่องจากนางเกลียดชังเมอสิเยอร์ก็องสต็องซ์ซึ่งเคยลบหลู่ดูหมิ่นนางอยู่หลายครั้งหลายหน เรื่องนี้เป็นเรื่องจริง จนกระทั่งนางไม่ประสงค์จะรับของกำนัลของมาดามลาโดฟีนที่ส่งมาถวาย นี่แสดงให้เห็นความเกลียดชังของนางที่มีต่อเรา"[30]

นอกจากนี้บาทหลวงตาชาร์ดก็ได้บันทึกเรื่องราวด้วยลายมือเขียนด้วยเช่นกัน แต่ก็แต่งเติมไปบ้าง ความว่า "ครั้งเมื่อมีผู้ไปเร่งรัดทาง (พระราชธิดา)...ให้เข้าไปยังราชสำนัก เพื่อจะได้คัดเลือกของหายากให้เป็นของกำนัลแด่พระชายาของพระโอรส เพราะจะเป็นการผิดวิสัยอย่างยิ่งที่ไม่ได้ตอบแทนน้ำใจของมาดามลาโดแฟ็ง พระนางตรัสตอบว่า ไม่ได้ทรงร่ำรวยพอที่จะส่งของกำนัลที่มีค่าเสมอกับของที่ส่งมาให้ และทรงแน่พระทัยว่า องค์พระบิดาจะได้ทรงกระทำทุกอย่างที่ทรงเห็นควรเหมาะกับพระนาง"[28]

กล่าวกันว่าพระนางทรงมีความสัมพันธ์อันดีกับชาวฮอลันดาโดยผ่านแพทย์หลวงชาวฝรั่งเศสที่ชื่อดาเนียล บรูชบูรด์ (Daniel Brochebourde) ซึ่งนับถือนิกายโปรเตสแตนต์และตั้งตนเป็นปฏิปักษ์ต่อพระสันตะปาปาและพระเจ้าหลุยส์ที่ 14[31] และเป็นผู้ที่ถูกกล่าวโทษว่าเป็นผู้วางยาพิษลอบปลงพระชนม์สมเด็จพระนารายณ์มหาราช ตามคำสั่งของฮอลันดาและพระเพทราชา[3]