กรมเจ้าท่า เป็นองค์กรหลักในการกำกับดูแล ส่งเสริม พัฒนาระบบการขนส่งทางน้ำและพาณิชยนาวีให้มีความปลอดภัย มีประสิทธิภาพตามมาตรฐานสากล ส่งเสริมการพัฒนาระบบการขนส่งทางน้ำและการพาณิชยนาวีให้มีการเชื่อมต่อกับระบบการขนส่งอื่นๆ ทั้งการขนส่งผู้โดยสารและสินค้า ท่าเรือ อู่เรือ กองเรือไทย และกิจการเกี่ยวเนื่อง เพื่อให้ประชาชนได้รับความสะดวก รวดเร็ว ทั่วถึงและปลอดภัยตลอดจนการสนับสนุนภาค การส่งออกให้มี ความเข้มแข็ง โดยมีอำนาจหน้าที่ดังนี้

1. ดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการเดินเรือในน่านน้ำไทย กฎหมายว่าด้วยเรือไทย กฎหมายว่าด้วยเรือโดนกัน กฎหมายว่าด้วยการส่งเสริมการพาณิชยนาวี และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
2. ศึกษาและวิเคราะห์เพื่อพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานการขนส่งทางน้ำ
3. ดำเนินการจัดระเบียบการขนส่งทางน้ำและกิจการพาณิชยนาวี
4. ร่วมมือและประสานงานกับองค์การ และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งในประเทศ และต่างประเทศในด้านการขนส่งทางน้ำ การพาณิชยนาวีและในส่วนที่เกี่ยวกับอนุสัญญา และความตกลงระหว่างประเทศ
5. ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของกรม หรือตามที่กระทรวง หรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย