นิยายเปิดฉากมาที่ชาวนาคนหนึ่งในรัฐเคนตักกี คืออาเทอร์ เชลบี ซึ่งต้องสูญเสียฟาร์มของตนเนื่องจากติดหนี้สิน ทั้งเชลบีและภรรยาของเขา คือ เอมิลี เชลบี ได้ให้ความเมตตากรุณาแก่ทาสของพวกเขาอย่างมาก แต่กระนั้นเขาก็จำต้องขายทาสออกไปสองคนให้กับพ่อค้าทาส คือลุงทอม ชายวัยกลางคนผู้มีครอบครัวแล้ว กับแฮร์รี่ ลูกชายของเอลิซ่า สาวใช้ประจำตัวของเอมิลี เอมิลีไม่เห็นด้วยกับความคิดนี้เลย เพราะเธอได้ให้สัญญากับสาวใช้ของเธอว่าจะไม่ขายลูกชายของนางไปเด็ดขาด ขณะที่ลูกชายของเอมิลีคือ จอร์จ เชลบี ก็รักใคร่ทอมประหนึ่งทั้งเพื่อนและพี่เลี้ยง

เอลิซ่าบังเอิญได้ยินนายและนางเชลบีพูดคุยกันเรื่องที่จะต้องขายทอมกับแฮร์รี่ นางจึงตัดสินใจจะหนีไปพร้อมกับลูกชาย นิยายพรรณนาถึงการตัดสินใจของเอลิซ่าว่ามิได้เกิดจากการถูกทารุณทางกาย แต่เพราะความกลัวจะต้องสูญเสียลูกชายเพียงคนเดียวที่เหลืออยู่ (ก่อนหน้านี้เอลิซ่าเคยแท้งลูกไปถึง 2 คน) เอลิซ่าหนีไปในคืนนั้นโดยทิ้งจดหมายขอโทษเอาไว้ให้กับนายสาว

ขณะที่เกิดเรื่องทั้งหมดนี้ ลุงทอมก็ถูกขายไปและนำตัวไปอยู่บนเรือที่จะล่องลงไปตามแม่น้ำมิสซิสซิปปี บนเรือนั้นทอมได้พบกับเด็กหญิงผิวขาวคนหนึ่งชื่อ อีวา ทั้งสองได้กลายเป็นเพื่อนกัน เมื่ออีวาตกลงไปในแม่น้ำ ทอมได้ช่วยเธอไว้ เพื่อเป็นการตอบแทนบุญคุณ พ่อของอีวาคือ ออกัสติน เซนต์แคลร์ จึงขอซื้อทอมต่อจากพ่อค้าทาสและพาเขาไปอยู่กับครอบครัวของตนที่นิวออร์ลีนส์ ระหว่างเวลานี้ ทอมกับอีวาก็สนิทกันมากยิ่งขึ้นด้วยมีพื้นฐานของศรัทธาแห่งคริสเตียนอันลึกซึ้ง

แต่โชคดีที่ไม่นานนัก ทั้งอีวาและมิสเตอร์เซ็นต์แคล์รตายจากไป และทาสทุกคนของเขาก็ตกเป็นสมบัติของภรรยาที่ชื่อ มาเรีย ผู้ซึ่งเกลียดทาสเสมอมาและคิดอยู่เสมอว่าสามีเธอปฏิบัติต่อทาสดีเกินไป ดังนั้น เมื่อโอกาสมาถึง เธอจึงปฏิญาณว่าเธอจะให้บทเรียนแก่ทาสเหล่านี้ ด้วยการขายพวกเขาลงล่องแม่น้ำไปอยู่ทางตอนใต้ ที่นี่เองที่ชีวิตของทอมผันแปรสู่ความเลวร้าย ชายคนหนึ่งชื่อ ไซมอน ลีกรี เป็นคนซื้อเขา ไซมอนเป็นคนที่ภาคภูมิใจที่ตนสามารถ“ ทำลาย” ชีวิตทาสทุกคนได้ ยกเว้นทอม ไม่มีใครสามารถ “ ทำลาย” ทอมได้ ความเชื่ออันใหญ่ยิ่งมั่นคงในพระเป็นเจ้าของทอมสอนให้เขาเป็นคนดีและซื่อสัตย์ และไม่ว่า ลีกรี จะทำอะไรเขา คุณลักษณะดังกล่าวนั้นก็ยังเป็นส่วนหนึ่งของชีวิตทอม ทำให้ ลีกรี โกรธมากขึ้น เขาจึงทุบตีทำร้ายทอมจนเกือบเสียชีวิต ขณะทอมกำลังพักฟื้นเพื่อรักษาตัวอยู่นั้น เขาก็พบกับ แคสสี ซึ่งเป็นทาสคนหนึ่งของ ลีกรี ที่ต้องการจะหนี เธอหมดความศรัทธาในพระเจ้าแล้วหลังจากที่ถูกพรากลูก ๆ ไปเมื่อหลายปีที่แล้ว และมีชีวิตอยู่ด้วยความขมขื่นเกลียดชัง แต่หลังจากได้พูดคุยกับทอมแล้ว เธอก็ตัดสินใจเชื่อและวางใจในพระเป็นเจ้าอีกครั้งหนึ่ง และด้วยความศรัทธาอันสดใหม่นี้ ทำให้เธอสามารถคิดหาวิธีที่จะหลบหนีจากไร่นาที่รกร้างนี้ไปกับเพื่อนทาสอีกคนหนึ่งที่ชื่อ เอมมีลีน ทั้งสองหนีได้สำเร็จ แต่เนื่องจากทอมไม่ยอมบอก ลีกรี ว่าทั้งสองหนีไปทางไหน เขาจึงถูกทุบตีอีกครั้ง แต่ครั้งนี้เขาอาการหนักมาก ไม่มีทีท่าว่าจะหาย

บุตรชายของมิสเตอร์เชลบีที่ชื่อ จอร์จ ได้ช่วยเหลือทอมก่อนที่เขาจะเสียชีวิต แม้ว่าจะเป็นการช่วยเหลือที่ไร้ความหวัง แต่ทอมก็สามารถฝากคำร่ำลาสั่งเสียไปถึงป้าโคลอี ภรรยาของเขาและคนอื่น ๆ ได้ หลังจากที่ทอมเสียชีวิต จอร์จก็จัดพิธีฝังศพให้ทอมอย่างเหมาะสม ตอนขากลับบ้าน เขาได้พบกับ แคสสี และ เอ็มมีลีน แคสสีจึงรู้ว่าลูกสาวซึ่งเธอคิดว่าจะไม่ได้พบกันอีกแล้วนั้น แท้จริงก็คือเอลิซา ดังนั้น จอร์จจึงพาทั้งสองไปแคนาดาเพื่อให้ครอบครัวได้พบกัน ในที่สุด เมื่อเขากลับมาถึงบ้าน เขาก็ปลดปล่อยทาสทุกคนให้เป็นอิสระตามความปรารถนาครั้งสุดท้ายของทอม เมื่อเขาประกาศเรื่องนี้ให้ทาสทุกคนทราบ และบอกให้แต่ละคนคิดถึงอิสรภาพที่ตนได้รับทุกครั้งที่เดินผ่านกระท่อมน้อยของลุงทอม และให้กระท่อมหลังนี้เป็นเครื่องเตือนใจให้ระลึกถึงการพยายามดำเนินชีวิตด้วยความซื่อสัตย์สุจริตอย่างทอม และให้พระเป็นเจ้าเป็นผู้นำในชีวิตพวกเขา