กระท้อนใช้ทำอาหารคาวหวานได้หลายชนิด ทั้งอาหารคาว เช่น แกงฮังเล แกงคั่ว ผัด ตำกระท้อน และอาหารหวาน เช่น กระท้อนทรงเครื่อง กระท้อนลอยแก้ว กระท้อนดอง แยม กระท้อนกวนและเยลลี่ หรือกินเป็นผลไม้สด กระท้อนเป็นผลไม้ที่มีสารต้านอนุมูลอิสระสูง[3]ในบิโกล ประเทศฟิลิปปินส์ นำกระท้อนไปแกงกับกะทิ

ทางด้านสมุนไพร กระท้อนมีสรรพคุณทางยาหลายประการ ใบสด ใช้ขับเหงื่อ ต้มอาบแก้ไข้ เปลือกต้นต้มน้ำดื่มแก้ท้องเสีย รักษาโรคผิวหนัง กลากเกลื้อน ราก เป็นยาขับลม แก้ท้องเสีย บิด เป็นยาธาตุ[4] หลายส่วนของกระท้อนมีฤทธิ์แก้อักเสบ[5] และสารสกัดจากกิ่งกระท้อนบางชนิดมีผลยับยั้งมะเร็งในหลอดทดลอง [6] สารสกัดจากเมล็ดกระท้อนมีฤทธิ์เป็นยาฆ่าแมลง[7]