กระท้อนเป็นไม้ยืนต้น สูงประมาณ 15 - 30 เมตร อายุขัยเฉลี่ยประมาณ 40 - 50 ปี เปลือกต้นสีเทา ใบประกอบ มีใบย่อย 3 ใบ การเกาะติดของใบบนกิ่งแบบเรียงสลับ ใบย่อยรูปรีแกมไข่จนถึงขอบขนาน ขนาดประมาณ กว้าง 6 - 15 ซม. ยาว 8 - 20 ซม. เมื่อใบแก่จัดจะเปลี่ยนเป็นสีส้มแดงดอกออกเป็นช่อ ที่ซอกใบบริเวณปลายกิ่ง ดอกย่อยจำนวนมาก กลีบดอกสีเหลืองนวล

ผล ผลอ่อนสีเขียวมีน้ำยางสีขาว เมื่อผลแก่เปลือกผลจะเปลี่ยนเป็นสีเหลืองและมีน้ำยางน้อยลง รูปกลมแป้น ผิวมีขนแบบกำมะหยี่อ่อนนุ่ม ขนาดประมาณ 5 - 15 เซนติเมตร ภายในผลจะมีเมล็ด 3-5 เมล็ด และมีปุยสีขาวหุ้มอยู่ ปุยที่รับประทานได้นี้พัฒนามาจากเปลือกหุ้มเมล็ด ซึ่งลักษณะ ของปุยและรสชาติจะแตกต่างกันออกไปในแต่ละพันธุ์ เมล็ดรูปรี มีปลอกเหนียวห่อหุ้ม