จำแนกออกได้เป็น 10 ชนิด (บางข้อมูลจำแนกออกเป็น 9 ชนิด[1])

• กระรอกบินเล็กเขาสูง, Hylopetes alboniger (Hodgson, 1836) – พบในประเทศไทย
• กระรอกบินเล็กอัฟกัน, Hylopetes baberi (Blyth, 1847)
• กระรอกบินเล็กบาร์เทล, Hylopetes bartelsi Chasen, 1939
• กระรอกบินเล็กแก้มเทา, Hylopetes lepidus (Horsfield, 1823) – พบในประเทศไทย
• กระรอกบินเล็กปาลาวัน, Hylopetes nigripes (Thomas, 1893)
• กระรอกบินเล็กแก้มขาว, Hylopetes phayrei (Blyth, 1859) – พบในประเทศไทย
• กระรอกบินเล็กเจนติง, Hylopetes platyurus (Jentink, 1890) [2]
• กระรอกบินเล็กซิโพรา, Hylopetes sipora Chasen, 1940
• กระรอกบินเล็กแก้มแดง, Hylopetes spadiceus (Blyth, 1847) – พบในประเทศไทย
• กระรอกบินเล็กสุมาตรา, Hylopetes winstoni (Sody, 1949)