ในอดีตมักมีความเชื่อที่ว่าสภาวะที่เป็นกรดภายในกระเพาะอาหารจะช่วยทำลายเชื้อโรคต่าง ๆ ได้ อย่างไรก็ตาม การศึกษาใหม่ ๆ พบว่ากระเพาะอาหารสามารถเกิดการติดเชื้อได้ ซึ่งจะทำให้เกิดภาวะกระเพาะอาหารอักเสบ (gastritis) แผลในกระเพาะอาหาร (gastric ulcer) รวมทั้งมะเร็งกระเพาะอาหาร (stomach cancer) ซึ่งการติดเชื้อในกระเพาะอาหารมักเกิดจากแบคทีเรีย เฮลิโคแบคเตอร์ ไพโลไร (Helicobacter pylori) นอกจากนี้ การหลั่งกรดที่มากเกินไปในกระเพาะอาหารก็ทำให้เกิดแผลในกระเพาะอาหารเช่นกัน แผลในกระเพาะอาหารที่เกิดขึ้นเรื้อรังอาจนำไปสู่ภาวะกระเพาะทะลุได้อีกด้วย