ต้นกำเนิดของเครื่องกลดังกล่าวนี้ยังไม่ทราบแน่ชัด ทราบเพียงว่าเป็นวัตถุที่เคยอยู่บนเรือแอนติคิเธียรา เรือนี้เป็นเรือของโรมัน แต่เครื่องกลนี้น่าจะสร้างขึ้นในกรีซอย่างแน่นอน ข้อสมมุติฐานอย่างหนึ่งก็คือ อุปกรณ์นี้ถูกสร้างในสำนักวิชาการ ที่สร้างโดยโพไซโดนิออส (Ποσειδώνιος) นักปรัชญาสโตอิกโบราณ บนเกาะรอดอส หรือโรดส์ (Ρόδος) ของกรีก ซึ่งในเวลานั้น เมืองดังกล่าวถือเป็นศูนย์กลางด้านวิศวกรรมเครื่องกล และดาราศาสตร์ นักสำรวจยังมีข้อเสนอว่าเรือดังกล่าวอาจนำอุปกรณ์ชิ้นนี้ไปยังกรุงโรม พร้อมกับทรัพย์สินอื่นๆ ที่ปล้นไปจากเกาะแห่งนั้น เพื่อสมทบงานแห่ฉลองชัยชนะของจูเลียส ซีซาร์