กองยุทธพลเขมรภูมินทร์แบ่งเขตทหารตามสภาพภูมิศาสตร์ออกเป็น 5 ภูมิภาคทหารและ 1 ภูมิภาคทหารพิเศษ แต่ละภูมิภาคดูแลขึ้นตรงต่างๆ ที่อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาตามเมืองและจังหวัดต่าง ๆ ดังนี้[2]:

• ภาคที่ 1: มีกองบัญชาการอยู่ที่จังหวัดสตึงแตรง รับผิดชอบดูแลจังหวัดสตึงแตรง จังหวัดรัตนคีรี และจังหวัดมณฑลคีรี
• ภาคที่ 2: มีกองบัญชาการอยู่ที่จังหวัดกำปงจาม รับผิดชอบดูแลจังหวัดกำปงจาม จังหวัดไพรแวง จังหวัดสวายเรียง และจังหวัดกำปงธม
• ภาคที่ 3: มีกองบัญชาการอยู่ที่จังหวัดกำปงสปือ รับผิดชอบดูแลจังหวัดกำปงสปือ จังหวัดตาแก้ว จังหวัดกำปอต จังหวัดพระสีหนุ จังหวัดเกาะกง และจังหวัดแกบ
• ภาคที่ 4: มีกองบัญชาการอยู่ที่จังหวัดเสียมราฐ รับผิดชอบดูแลจังหวัดเสียมราฐ จังหวัดอุดรมีชัย และจังหวัดพระวิหาร
• ภาคที่ 5: มีกองบัญชาการอยู่ที่จังหวัดพระตะบอง รับผิดชอบดูแลจังหวัดพระตะบอง จังหวัดโพธิสัตว์ จังหวัดบันทายมีชัย และจังหวัดไพลิน
• ภาคพิเศษ: มีกองบัญชาการอยู่ที่กรุงพนมเปญ รับผิดชอบดูแลจังหวัดกำปงชนัง จังหวัดกันดาล และเขตราชธานีกรุงพนมเปญ