การสู้รบกับเวียดนามเกิดขึ้นอย่างรุนแรงในช่วงฤดูแล้งระหว่างพฤศจิกายน พ.ศ. 2524 – มีนาคม พ.ศ. 2525 ซึ่งทำให้กองทัพอ่อนแอลงและทำให้ถอยร่นเข้าหาแนวชายแดนไทยมากขึ้น กองทัพแห่งชาติสีหนุและกองทัพเขมรแดงได้รับผลกระทบจากการโจมตีของเวียดนามด้วย และทำให้จำนวนค่ายผู้อพยพลดลง รัฐบาลไทยและหน่วยงานระดับนานาชาติอื่นๆได้เพิ่มความเข้มงวดในการรักษาความปลอดภัยค่ายผู้อพยพ และให้แยกค่ายผู้อพยพที่เป็นพลเรือนออกจากกำลังทหาร

หลังจากนั้นได้เกิดความแตกแยกระหว่างผู้นำของแนวร่วมคือซอน ซาน และเดียน เดล แต่ได้ไกล่เกลี่ยให้ยุติลงได้ในช่วงปลายปี พ.ศ. 2529