กองพันทหารม้าที่ 3 รักษาพระองค์ ได้รับพระราชทานธงชัยเฉลิมพล 2 ครั้ง ดังนี้

ครั้งที่ 1 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานธงชัยเฉลิมพลแก่กองพันทหารม้าที่ 3 รักษาพระองค์ เมื่อวันที่ 25 ม.ค. 2496 โดย พ.ต. สมศักดิ์ ปัญจมานนท์ ผู้บังคับกองพันทหารม้าที่ 3 เป็นผู้รับพระราชทาน

ครั้งที่ 2 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งดำรงพระราชอิสริยยศสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ สยามมกุฎราชกุมารเป็นผู้แทนพระองค์ ในพิธีพระราชทานธงเฉลิมพลให้กับหน่วยทหาร ณ พระบรมมหาราชวังซึ่งกองพันทหารม้าที่ 3 รักษาพระองค์ ฯ ได้รับพระราชทานธงชัยเฉลิมพล (ผืนใหม่) เมื่อวันที่ 8 พ.ย. 2549 โดย พ.ท.ธัชพล เปี่ยมวุฒิ ผู้บังคับกองพันทหารม้าที่ 3 รักษาพระองค์ฯ (ในขณะนั้น) เป็นผู้รับพระราชทาน