ปี พ.ศ. 2446 ปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว กรมทหารเรือได้กำหนดให้มี "กองทุ่นระเบิด"[1][2]

จากนั้น ในปี พ.ศ. 2485 สมัยสงครามโลกครั้งที่สอง เรือดำน้ำสหรัฐได้เข้ามาวางทุ่นระเบิดบริเวณเกาะริ้น, เกาะคราม และเกาะสีชัง ส่งผลให้เรือซิดนีย์มารูของประเทศญี่ปุ่นซึ่งเป็นพันธมิตรกับประเทศไทยในขณะนั้น ได้รับความเสียหายอย่างหนัก รวมถึงเรือสินค้าและเรือประมงไม่กล้าออกทะเล[1][2][4]

กองทัพเรือไทยจึงลงคำสั่งให้เรือหลวงจวง (ลำเก่า) กับเรือประมงจำนวนหนึ่งเป็นหมู่เรือกวาดทุ่นระเบิด โดยออกปฏิบัติการวันที่ 22 ธันวาคม พ.ศ. 2485 ถึงวันที่ 22 มกราคม พ.ศ. 2486 นับเป็นการกวาดทุ่นระเบิดครั้งแรก ที่มีการบันทึกไว้เป็นหลักฐาน จึงได้มีการถือเอาวันที่ 22 ธันวาคมของทุกปี เป็นวันคล้ายวันสถาปนากองเรือทุ่นระเบิด[1][2][4]

ต่อมา เครื่องบินของฝ่ายสัมพันธมิตรในสงครามโลกครั้งที่สองได้เข้ามาวางทุ่นระเบิดในแม่น้ำเจ้าพระยา ทางกองทัพเรือไทยจึงได้ลงคำสั่งจัดตั้งกองกวาดทุ่นระเบิดในแม่น้ำเมื่อวันที่ 25 มกราคม พ.ศ. 2487[1]

ครั้นเมื่อวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2494 ชื่อ "กองเรือทุ่นระเบิด กองเรือยุทธการ" ได้ปรากฏครั้งแรกเมื่อย้ายกองเรือจากกรุงเทพมหานคร ไปรวมอยู่ที่อำเภอสัตหีบ จังหวัดชลบุรี[1][2]